국내대학원 석사(야간)

위탁교육과정 훈련보고서

연구·인력개발비에 대한 세액공제 제도의 문제점과 개선방안 연구

2019. 3.

국세청

(강 삼 원)

훈 련 개 요

○ 훈련기관 : 경희대학교 법무대학원

○ 전    공 : 조세법

○ 훈련기간 : 2016. 8. 27. ∼ 2019. 2. 28.

○ 훈련과제 : 연구·인력개발비에 대한 세액공제 제도의 문제점과 개선방안 연구

○ 지도교수 : 경희대학교 법무대학원

세무학박사  황 남 석 (인)

<목 차>

Ⅰ. 서 론	1

Ⅱ. 연구개발 관련 조세지원 현황	4

1. 연구개발에 대한 조세지원의 의의	4

2. 우리나라의 연구개발에 대한 조세지원 현황	5

Ⅲ. 연구･인력개발비 세액공제 제도 의의 및 연혁	9

1. 의의	9

2. 연구･인력개발비 세액공제 제도 연혁	9

Ⅳ. 현행 연구･인력개발비 세액공제 제도	14

1. 적용 대상자	14

2. 연구･인력개발의 의미	14

3. 연구･인력개발비의 범위	15

4. 적용 기한	18

5. 연구･인력개발비 세액공제 유형별 공제대상 비용	18

6. 연구･인력개발비 공제세액 계산	20

7. 구분경리	21

Ⅴ. 주요국의 연구･인력개발비 세액공제 제도	22

1. 미국	22

2. 일본	30

Ⅵ. 연구･인력개발비 세액공제제도 문제점 및 개선방안	44

1. 최저한세의 적용	44

2. 연구･인력개발비 환급	46

3. 연구･인력개발비 세액공제 계산방법	47

4. 고유디자인의 개발을 위한 비용	48

5. 전담부서 등 현황 과세자료 제출 의무화	50

Ⅶ. 결론	52

<참고문헌>	54

Ⅰ. 서  론

정부는 정책 목적을 효과적으로 달성하기 위해 다양한 종류의 세액․공제 감면 등 조세특례제도를 운영하고 있다.  세액 공제․감면은 정부가 예산을 직접 지출함으로써 지원하는 보조금은 아니지만, 받아야 할 세금을 받지 않는 방법으로 간접적인 지원을 해 줌으로써 보조금과 같은 효과를 가져 오게 되므로 ‘숨은 보조금’이라고 한다.

｢국가재정법｣에서는 각종 공제․감면 등 세제상의 지원을 ‘조세지출’이라고 하며, 정부(기획재정부)는 2011년부터 매년 조세지출예산서를 작성하여 국회에 제출한다.

2013～2017년의 법인세 세액 공제․감면 내역을 살펴보면 연구･인력개발비에 대한 세액공제의 점유비가 높고, 공제금액 규모도 2조원 이상으로 커 체계적인 제도운영 및 관리가 절실하게 요구된다.

<표 1> 법인세 공제․감면 중 연구개발세액공제 비중

국세청, 「국세통계연보」, 2014-2018

(단위 : 조원, %)

구분	2013년	2014년	2015년	2016년	2017년
① 공제․감면액 계	9.3	8.7	9.6	8.8	8.9
② 연구개발세액공제	2.8	2.7	2.8	2.0	2.2
점유비(②/①)	30.1	31.0	29.2	22.7	24.7

2013년～2017년 법인의 수입금액 규모별 연구･인력개발비 세액공제 현황을 보면 연구･인력개발비 세액공제를 받은 전체 법인 중 수입금액 5천억원을 초과하는 법인의 공제 건수 비율은 1～2% 내외에 불과한 반면, 공제 금액 비율은 35～60%에 이르러 법인 규모간 불균형이 심각한 것으로 나타난다. 규모가 큰 기업이 규모가 작은 기업보다 연구･인력개발비를 많이 지출하게 되므로 공제를 상대적으로 더 많이 받는 것이 당연스러운 현상으로 여겨질 수도 있다.

그러나 규모가 큰 기업은 자금여력이 있어 경쟁력을 제고하기 위해 자력으로 연구･인력개발에 많은 투자를 할 수 있지만, 규모가 작은 기업은 경영 여건이 어렵기 때문에 연구개발에 투자를 하기가 어려운 실정이다. 따라서, 규모가 작은 기업에 대한 지원 비중을 더 높이는 것이 미래성장동력 확충을 위한 정책의 효율성을 높이고 제도의 취지에도 부합하다고 판단된다.

<표 2> 수입금액 5천억원 초과 법인의 연구개발세액공제 현황

국세청, 「국세통계연보」, 2014-2018

(단위 : 건, 조원, %)

구 분	2013년		2014년		2015년		2016년		2017년
	건수	금액	건수	금액	건수	금액	건수	금액	건수	금액
① 공제 법인 전체	17,501	2.8	19,267	2.7	22,095	2.8	25,214	2.0	28,142	2.2
② 5천억원 초과	291	1.7	269	1.6	251	1.6	255	0.7	294	0.8
점유비(②/①)	1.7	60.7	1.4	59.3	1.1	57.1	1.0	35.0	1.0	36.4

업종간 세제혜택 불균형 사례를 보면 의류 제조업, 출판업, 인터넷 게임 개발업의 경우 별도의 연구 전담부서가 없으면서도 상품 디자인․도안 등에 소요되는 인건비 등을 ‘고유디자인 개발을 위한 비용’ 명목으로 보아 많은 세제 혜택을 받고 있다. 이는 법 규정이 불분명한데도 원인이 있지만, 다른 업종에서도 상품 디자인 개발은 사업 영위를 위한 통상적인 업무임에도 연구인력개발비 세액공제를 받지 못하고 있는 실정에 비추어 볼 때 업종간 세제혜택의 불균형이 있다고 할 수 있다.

이외에도 기업이 사업부진 등 경영에 애로가 있는 경우 연구개발 부문을 우선적으로 축소하는 경향이 있는데, 이는 기업이 연구개발인력을 확충하거나 유지하는데 세제측면에서의 지원이 다소 미흡한데도 일부 원인이 있는 것으로 생각 된다. 따라서, 연구개발에 대한 조세지원을 통해 정책목적을 달성하고, 제도를 안정적으로 운영하기 위해서는 연구･인력개발비 세액공제 제도에 대한 심도 있는 연구로 문제점을 정확하게 진단하고 개선방안을 마련하는 것이 시급하다고 판단된다.

이와 관련하여 본 연구에서는 현행 연구인력개발비 세액공제 제도 운영과정에서 나타난 문제점을 전반적으로 살펴보고 이에 대한 개선방안을 모색해 보고자 한다. 이를 위해서 먼저 관련 법 규정에 대한 면밀한 검토와 함께, 법령해석사례, 연구논문 등 다양한 사례와 쟁점 사항을 구체적으로 살펴보고 다각적으로 분석하고자 한다. 아울러, 미국, 일본 등 주요국의 연구･인력개발비에 대한 조세지원제도를 구체적으로 살펴보고 이를 바탕으로 우리나라에 비해 상대적으로 비교우위에 있는 제도를 개선방안을 모색하는데 반영하고자 한다.

Ⅱ. 연구개발 관련 조세지원 현황

1. 연구개발에 대한 조세지원의 의의

세계 각국의 정부는 기업의 연구개발 활동을 촉진하기 위해 보조금, 조달 등을 통한 직접적 지원을 제공하거나, 연구개발에 대한 세제상 혜택 부여 등  재정적 우대조치를 취하고 있다.

연구개발 활동에 대한 세제상 우대조치는 대부분의 OECD 국가에서 기업의 연구개발 투자를 활성화하기 위해 운영되고 있으며, 2010년 11월 기준 OECD 회원국 중 20개 이상의 국가에서 운영 중이며, 1995년 12개국에서 2004년 18개국으로 지속적으로 증가하는 추세에 있다. 또한 조세지원이 적용되는 연구개발 활동의 범위를 확대하고 공제율을 증가시키거나 지원대상이 되는 적격 연구개발비의 한도금액도 지속적으로 상향조정하고 있다. 정부에서 기업의 연구개발 활동을 장려하는 주요 사유는 다음과 같다.

조용립, 「연구개발 조세특례 실무」, 삼일인포마인, 2015, 33-34면

첫째는 연구개발은 기업뿐만 아니라 국가적 차원에서의 장기적인 경제적 성과를 이끄는 강력한 동인이다. OECD 국가에서 총요소생산성의 증대는 경제발전에 영향을 미치는 중요한 요소이다. 총요소생산성의 증대는 공공 및 민간부분의 연구개발의 증가와 밀접한 연관성이 있다.

Multi-Factor Productivity

둘째는 위기 시에도 고용을 유지한다.

정부 정책은 기업의 성공과 실패에 영향을 미칠 수 있다.  예컨대, 주요 국가들은 경영상의 어려움에 처한 기업들을 지원하기 위해 다양한 세제상의 지원을 하고 있는데, 대표적으로 세금감면 대상 확대(일본, 네덜란드), 이월세액공제기간 연장(일본), 세금환급 기간 축소(프랑스) 등이 있다.

셋째는 국가 경쟁력에 기여한다.

연구개발은 장기적으로 경제가 성장하는데 중요한 투자이다. 다국적 기업들이 연구개발 활동의 국제화를 확대하는 시대를 맞아 대부분의 나라에서 다국적 기업들의 연구개발 투자를 유치하기 위해 경쟁한다. 세제상의 우대조치를 통해 연구개발 투자를 유인하는 국가는 경쟁국가와 비교해서 더 많은 연구개발 투자를 유치할 가능성이 높다.

넷째는 연구개발 투자는 위험성을 가진다.

연구개발비를 투자한 프로젝트 중에서 최종적으로 상품화가 가능한 신제품으로 종결되는 경우는 많지 않으며, 투자비의 회수기간이 길고 불확실한 경우가 일반적이다. 또한 연구개발 투자에 대한 불확실성과 기업들이 경영상의 비밀 등을 이유로 관련 정보의 공개를 기피하는 특성 때문에 자금을 지원하는 금융기관들이 연구개발 투자의 질적인 면을 판단하기가 쉽지 않다. 그 결과 신규로 사업을 개시하는 중소기업들이 연구개발 투자를 위한 자금유치에 어려움을 겪기 쉽다.

다섯째는 연구개발 활동은 ‘공공재’의 성격이 있다.

연구개발 결과로 나타난 지식 또는 정보는 연구개발에 투자하지 않은 다른 기업에 확산되는 경향이 있다. 회사에서 연구개발에 투자하여 얻은 결과물에 대해 모든 혜택을 누릴 수는 없기 때문에 통상적으로 수행하는 연구개발 활동이 최적의 연구개발 활동에는 미치지 못한다.

김성언, ｢연구 및 인력개발비 세액공제 제도에 관한 연구｣, 2017.2., 4-5면

2. 우리나라의 연구개발에 대한 조세지원 현황

가. 주요 연구개발 조세지원제도

우리나라 정부도 연구개발 활동을 촉진하기 위해 조세특례제한법상 다음과 같은 조세지원제도를 운영하고 있다.

① 연구․인력개발비 세액공제

내국인이 2021.12.31.까지 신성장동력 분야의 연구개발기 또는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비를 지출할 경우, 해당 연구개발비의 100분의 20(중소기업의 경우 100분의 30)를 세액공제 받을 수 있다. 또한 해당 과세연도에 발생한 일반 연구․인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반 연구․인력개발비를 초과하는 경우 동 초과금액의 100분의 25(중견기업은 100분의 40, 중소기업은 100분의 50) 또는 해당 과세연도에 발생한 일반 연구․인력개발비의 2% 이내의 금액(중견기업은 100분의 8, 중소기업은 100분의 25)을 세액공제 받을 수 있다. 다만, 중소기업 기준을 초과하여 중소기업 기준에 해당하지 않게 되는 경우에는, 해당 연도 개시일로부터 3년간의 과세기간에는 100분의 15, 이후 2년간의 과세기간에는 100분의 10의 세액공제를 적용받을 수 있다.

연구 및 인력개발비 중 신성장동력연구개발비 및 원천기술연구개발비를 제외한 금액을 말한다.

② 연구개발 출연금 과세특례(익금불산입)

내국인이 연구개발을 위하여 해당하는 법률에 따라 출연금을 지급받은 경우로서 해당 연구개발출연금을 지출하고 구분경리를 하는 경우에는 세금 부담이 없도록 이를 익금에 산입하지 않을 수 있다.

③ 기술이전․기술취득 과세특례

중소기업과 중견기업이 자체적으로 연구․개발한 특허권, 기술 등을 특수관계인이 아닌 내국인에게 이전함에 따라 발생하는 소득은 2021.12.31. 까지 해당 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

또한 중소기업이 자체적으로 연구ㆍ개발한 특허권등을 2021.12.31. 까지 특수관계인이 아닌 자에게 대여함에 따라 발생하는 소득은 해당 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 25에 상당하는 세액을 감면한다.

④ 연구개발특구 입주 첨단기술기업 법인세․소득세 감면

연구개발특구에 입주한 첨단기술기업․연구소기업이 특구의 사업장에서 영위하는 정보통신산업․생물산업 등 감면대상사업에서 발생하는 소득에 대해서는 해당 감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도의 경우에는 소득세 또는 법인세의 100%, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도의 경우에는 소득세 또는 법인세의 50%의 세액을 감면한다.

⑤ 기술혁신형 합병 관련 세액공제

내국법인이 2021.12.31. 까지 기술혁신형 중소기업을 일정한 요건을 전부 갖추어 합병(특수관계 법인간 합병 제외)하는 경우 합병법인이 피합병법인에게 지급한 양도가액 중 기술가치금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 해당사업연도의 법인세에서 공제한다.

⑥ 기술혁신형 주식취득 세액공제

내국법인이 2021.12.31.까지 기술혁신형 중소기업의 주식등을 일정 요건을 모두 갖추어 취득(특수관계인으로부터 취득한 경우 제)하는 경우 매입가액 중 기술가치 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 해당 사업연도 법인세에서 공제한다.

⑦ 외국인기술자 소득세 감면

국내에서 외국인기술자가 내국인에게 근로를 제공하고 받는 근로소득으로서 그 외국인기술자가 국내에서 최초로 근로를 제공한 날(2021.12.31. 이전만 해당)부터 5년이 되는 날이 속하는 달까지 발생한 근로소득은 소득세의 100분의 50을 감면한다.

⑧ 외국인근로자 과세특례

일용근로자가 아닌 외국인인 임원․사용인이 2021.12.31. 이전에 국내에서 최초로 근로를 제공하기 시작하는 경우 국내에서 근무[외투기업을 제외한 특수관계인에게 근로를 제공하는 경우 제외]함으로써 받는 근로소득으로서 국내에서 최초로 근로를 제공한 날부터 5년 이내의 과세기간까지 받는 근로소득에 대한 소득세는 근로소득의 100분의 19를 그 세액으로 할 수 있다.

나. 주요 연구개발 조세지출 항목별 내역

연구개발 관련 2010년 대비 2017년 조세지출 감면실적 추이는 아래 표와 같다.

국회예산정책처, 「2019년도 조세지출예산서 분석」, 2018년, 115-116면

<표 3> 주요 연구개발 조세지출 항목별 내역

(단위 : 십억원, %)

조세지출 항목	2010년	2017년	연평균 증가율
계	2,346	2,871	3.4
연구․인력개발비 세액공제	1,857	2,547	5.4
연구․인력개발 설비투자 세액공제	95	153	8.3
외국인근로자에 대한 과세특례	261	130	-11.0
중소기업창업투자조합 출자 등 소득공제	1.2	19	57.8
외국인 기술자에 대한 조득세 감면	31	6	-24.6
연구개발특구 입주 첨단기술기업 세액감면	22	4	-24.7
중소기업창업투자회사 주식양도차익 비과세	1.8	1.6	-1.9
기술혁신형 합병 및 주식취득 세액공제	-	1.2	-
기술이전 및 기술취득에 대한 과세특례	1.2	0.3	-20.6
연구개발 관련 출연금 등의 과세특례	1.3	0.9	-5.9
연구․인력개발준비금 손금산입	-	8.8	-

연구개발 분야에 대한 조세지출 감면실적은 2010년 2.3조원에서 2017년 2.9조원으로 약 0.5조원 증가하였다. 이는 감면액 규모가 큰 연구․인력개발비 세액공제가 2010년 대비 0.7조원 증가하였기 때문이며, 2010년 동 제도에 신설된 ‘신성장동력산업 및 원천기술 세액공제 제도’의 활용률이 지속적으로 증가하고 있음에 기인한다.

Ⅲ. 연구․인력개발비 세액공제 제도 의의 및 연혁

1. 의의

연구․인력개발비 세액공제 제도는 내국인이 연구․인력개발에 투자하는 비용에 대해 일정액을 법인세 또는 소득세에서 공제함으로써 기업의 연구 및 인력개발을 촉진하여 기술을 축적하고 우수한 인력 확보를 도움으로써 기업의 대외경쟁력 향상 및 성장잠재력 확충을 위한 제도이다.

기업의 연구개발 활동은 일반적으로 대량의 자금 투입과 오랜 기간이 소요되는 경우가 많은데 비해 불확실성이 높아 연구개발 투자활성화를 위해 세제상의 지원 필요성이 높은 것으로 인식되어 1981년에 동 제도가 신설되었다. 정부는 성장잠재력 확충의 디딤돌이 되는 연구․인력개발에 대하여 다양한 세제상의 지원을 하고 있으며, 그 중에서 연구․인력개발비세액공제가 가장 핵심적인 지원책이라 할 수 있다.

한편, 연구․인력개발비 세액공제 제도는 주요 선진국에서 대부분 적용하고 있으며 직접적인 각종 보조금 지원과 달리 국제사회의 간섭에서 상대적으로 자유롭고 각 개별 국가의 정책의지에 의해 통제가능한 매우 효율적이고 유용한 정책수단으로 이용되고 있다.  동 제도의 특징은 조세특례제한법상 대부분의 세액공제가 고정자산 등 설비투자에 대한 공제제도이나 비용에 대해 세액공제를 한다는 점에 있다.

윤충식․장태희․박재혁, 「조세특례제한법 해설과 실무」, 삼일인포마인, 2017.11., 219면

2. 연구․인력개발비 세액공제 제도 연혁

연구․인력개발비 세액공제 제도는 최초 시행 후 거의 매년 개정이 있었으며 주요 개정 내용을 정리하면 다음과 같다.

<표 4> 주요 연구개발 조세지출 항목별 내역

날짜	개정 내용
1981.12.31. 신설	조세감면규제법 제17조에 현재 연구․인력개발비 세액공제 제도의 전신이라 할 수 있는 기술․인력개발비 세액공제에 관한 규정 신설
1998.12.28.	조세감면규제법을 조세특례제한법으로 개정하고 제10조에 기술․인력개발비에 대한 세액공제 규정 - 4년 연평균지출액을 초과하는 금액의 50% 또는 - (중소기업) 해당 과세연도 발생 총액의 15% - (대기업) 해당 과세연도 발생 총액의 5%(단, 중소기업에 지출한 경우에는 10%를 공제)
2000.12.29.	기술․인력개발비 세액공제를 연구․인력개발비 세액공제로 개정하고 대기업의 당해 과세연도 지출액 기준 세액공제 제도 폐지 - 4년 연평균발생액을 초과하는 금액의 50% 또는 - 해당 과세연도 발생 총액의 15%(중소기업만 선택 가능함)
2002.12.11.	대기업의 증가지출분에 대한 세액공제율을 50%에서 40%로 축소 - 4년 연평균발생액을 초과하는 금액의 40%(중소기업은 50%) 또는 - 해당 과세연도 총액의 15%(중소기업만 선택 가능함)
2006.12.30.	(중소기업은 다음 중 하나를 선택 가능) - 4년 연평균발생액을 초과하는 금액의 50% - 해당 과세연도 총액의 15% (중소기업 외의 기업은 다음 항목을 합한 금액) - 중소기업․대학 등에 위탁한 비용의 4년 연평균발생액을 초과하는 금액의 50% - 위 항목 외의 비용의 4년 연평균발생액을 초과하는 금액의 40%
2007.12.31.	대기업에 대해 해당 과세연도에 발생한 투자비 총액을 기준으로 적용하는 세액공제제도를 다시 도입 (중소기업 외의 기업은 다음 항목을 합한 금액) - 중소기업․대학 등에 위탁한 비용의 4년 연평균발생액을 초과하는 금액의 50% - 위 항목 외의 비용의 4년 연평균발생액을 초과하는 금액의 40% 단, 수입금액에서 연구․인력개발비가 차지하는 비율이 직전연도보다 높거나 같으면, 다음의 금액을 세액공제로 선택 가능함 - 해당 과세연도 발생총액에 다음의 비율을 곱한 금액의 3% + 연구․인력개발비가 수입금액에서 차지하는 비율 × 1/2(6% 한도)
2008.12.26.	연구․인력개발비 세액공제 일몰기한(2009.12.31.)이 폐지되어 동 제도가 영구화되었으며 중소기업 당해 과세연도 발생액 기준 세액공제율이 15%에서 25%로 상향조정됨 (중소기업은 다음 중 하나를 선택) - 4년 연평균 발생액을 초과하는 금액의 50% - 해당 과세연도에 발생한 총액의 25%
2010.1.1.	현행의 “신성장동력산업 연구개발비”, “원천기술을 얻기 위한 연구개발비”에 대한 세액공제를 추가하고 대기업이 당해 과세연도 세액공제를 적용받기 위한 요건을 폐지함 (신성장동력․원천기술연구개발비) 해당 과세연도 발생 총액의 20%(중소기업은 30%) (그 외의 기업은 다음 중 하나 선택) - 4년 연평균 발생액을 초과하는 금액의 40%(중소기업은 50%) - 해당 과세연도연도 발생총액에 다음의 비율을 계산한 금액(다만, 중소기업은 25%) 3% + 연구․인력개발비가 수입금액에서 차지하는 비율 × 1/2(6%한도)
2010.12.27.	중소기업 졸업에 따른 일반 연구․인력개발비 세액공제 비율을 단계적으로 축소 - 중소기업 졸업유예기간 종료 이후 3년간은 15%, 이후 2년간은 10%
2011.12.31.	“서비스 연구개발”을 연구개발의 정의에 추가하고 위탁․재위탁 연구개발비에 대한 연구․인력개발비 세액공제를 허용. 세액공제액 계산 시 증가분 방식 적용대상 명확화 및 직전 4년간 연평균 연구․인력개발비 계산방법 합리화 - 서비스분야 연구개발비는 자체연구개발비로 한정 - 과거 4년간 연구․인력개발비가 발생하지 않은 경우에는 총액기준(발생기준)에 의한 계산 방식만 적용 - 직전 4년간 연구․인력개발비 합계액 ÷ 직전 4년 중에 연구․인력개발비가 발생한 과세연도의 수 합계
2013.1.1.	연구․인력개발비 세액공제의 증가분 계산방식 조정. 중견기업에 대한 일반 연구․연구개발비 세액공제 구간을 신설하고 정부출연금으로 지출한 연구․인력개발비에 대한 세액공제 배제. - 증가분 산식 : 직전 3년 평균 연구개발 비용(2013년)→2년 평균(2014년)→직전연도(2015년 이후) - 직전 과세연도의 연구․인력개발비가 직전 4년 연평균 발생액보다 적은 경우에도 당기분 방식만 적용 (중견기업 : 다음 중 하나 선택) - 4년 연평균발생액을 초과하는 금액의 40% - 해당 과세연도 발생 총액의 8%
2014.1.1.	연구․인력개발비 세액공제 적용시 중견기업 범위 확대하고 일반기업에 대한 연구․인력개발 비용 세액공제 비율 한도 축소 - 중견기업의 범위를 매출액 3천억원에서 5천억원 미만 기업으로 확대 - 해당 과세연도 발생 총액에 다음의 비율 계산한 금액(중소기업은 25%) 3% + 연구․인력개발비가 수입금액에서 차지하는 비율 × 1/2(4% 한도)
2014.12.23.	대기업에 대한 연구․인력개발비 세액공제 비율 한도 축소 - 해당 과세연도 발생 총액에 다음의 비율을 계산한 금액(중소기업은 25%) 2% + 연구․인력개발비가 수입금액에서 차지하는 비율×1/2(3% 한도)

Ⅳ. 현행 연구･인력개발비 세액공제 제도 운영현황

1. 적용 대상자

내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 여기서 내국인이라 함은 소득세법에 따른 거주자 및 법인세법에 따른 내국법인을 말한다.

조세특례제한법 제2조 제1항 제1호

2. 연구․인력개발의 의미

가. 연구개발의 의미

연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말한다(조특특례제한법 §9⑤).

다만, 다음의 활동은 포함하지 아니한다(조세특례제한법 시행령 §8②).

① 일반적 관리․지원활동

② 시장조사, 판촉활동, 일상적 품질시험

③ 반복적 정보수집 활동

④ 경영 또는 사업의 효율성을 조사․분석하는 활동

⑤ 특허권의 신청․보호 등 법률 및 행정업무

⑥ 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사･탐사하는 활동

⑦ 위탁받아 수행하는 연구활동

나. 인력개발의 의미

인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육․훈련시키는 활동을 말한다(조세특례제한법 §9⑤).

3. 연구･인력개발비의 범위

연구개발 및 인력개발에 필요한 비용 중 ｢조세특례제한법 시행령｣ 별표 6에 규정된 다음의 비용을 말한다(조세특례제한법 §9② 1).

가. 연구개발

(1) 자체연구개발

기업 내부에 설치된 전담부서 등에서 소요되는 비용으로서 다음의 비용을 말한다.

1. 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의2제1항에 따라 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서

2. 「문화산업진흥 기본법」 제17조의3제1항에 따른 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서

① 연구개발․문화산업 진흥 등을 위해 연구소․전담부서(전담부서등)에서 근무하는 직원(연구개발과제 직접 수행․보조 외 행정사무 담당자는 제외) 및 연구개발서비스업 종사 전담요원의 인건비로서 퇴직소득, 퇴직급여충당금, 성과급 등을 제외한 금액

② 전담부서등, 연구개발서비스업에서 연구용으로 사용되는 견본품·부품·원재료․시약류구입비

③ 전담부서등, 연구개발서비스업에서 사용되는 연구·시험용 시설

다만, 위 ①의 전담요원 인건비로서 다음의 어느 하나에 해당하는 자의 인건비는 제외한다(조세특례제한법 시행규칙 §7④).

ⓐ 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하게 되는 자

ⓑ 해당 법인의 주주로서 ｢법인세법 시행령｣ 제43조 제7항에 따른 지배주주 등 및 당해 법인의 총발행주식의 10%를 초과하여 소유하는 주주

ⓒ 위 ②에 해당하는 자(법인 포함)와 ｢소득세법 시행령｣ 제98조 제1항 또는 ｢법인세법 시행령｣ 제2조 제5항에 따른 특수관계인. 이 경우 ｢법인세법 시행령｣ 제2조 제5항 제7호에 해당하는 자가 당해 법인의 임원인 경우를 제외한다.

(2) 위탁․공동연구개발

국내외 연구기관 등에 위탁하거나 이들 연구기관과 공동으로 수행함에 따라 소요되는 비용으로서 다음의 비용을 말한다.

① 대학, 전문대학, 국공립연구기관, 정부출연기관, 국내외의 비영리법인, 국내외 기업의 연구기관․전담부서 등, 산업기술연구조합, 연구개발서비스업 영위기업에 과학기술 분야 연구개발용역을 위탁함에 따른 비용과 공동연구개발을 수행함에 따른 비용

② 전문대학 또는 대학에 소속된 조교수 이상 개인에게 과학기술분야에 대한 연구개발용역을 위탁함에 따른 비용

(3) 직무발명 보상금

해당 기업이 종업원 등에게 직무발명보상금으로 지출하는 금액은  적격한 연구개발비로 본다.

(4) 기술정보비, 기술의 소화개량비

해당 기업이 적격한 연구기관, 교수 등에게 기술자문을 받고 지출하는 기술자문료는 적격한 연구개발비로 본다.

(5) 기술지도를 받기 위한 비용

중소기업이 한국생산기술연구원 등에 기술지도를 받고 지출하는 기술지도료는 적격한 연구개발비로 본다.

(6) 고유디자인 개발개발비

해당 기업이 고유디자인의 개발을 위하여 지출한 비용은 적격한 연구개발비로 본다.

(7) 상품디자인 등 개발지도를 위해 지출하는 비용

해당 기업이 중소기업에 대한 공업․상품디자인 개발지도를 위해 지출하는 비용은 적격한 연구개발비로 본다.

나. 인력개발

(1) 전담부서 등 연구요원의 위탁훈련비

국내외의 전문연구기관, 대학, 직업훈련기관 등에 전담부서 등에서 연구업무에 종사하는 연구요원의 훈련을 위탁함으로써 발생하는 위탁훈련비는 적격한 인력개발비에 해당된다.

(2) 직업능력개발훈련 관련 지출 비용

고용보험법 등에 따른 사내직업능력개발훈련, 직업능력개발훈련 관련 사업 실시를 위해 지출하는 비용은 적격 인력개발비에 해당한다.

(3) 인력개발․기술지도 비용

중소기업에 대한 인력개발, 기술지도를 위해 지출하는 비용으로서 지도요원의 인건비, 직업능력개발훈련실시 시설의 임차비용 등이다.

(4) 생산성향상을 위한 인력개발비

품질관리․생산관리․설비관리 등에 관한 회사 내 자체교육비 등 및 위탁훈련비 등이다.

다. 사내기술대학, 사내대학 운영에 필요한 비용

｢평생교육법｣에 따라 설치된 사내대학 및 과학기술분야 교육훈련을 위한 교육시설 등으로서 기재부장관과 협의하여 정하는 기준에 부합하는 사내훈련교육기관 등의 운영에 필요한 비용이다.

4. 적용기한

신성장동력․원천기술연구개발비에 대한 세액공제와 일반 연구․인력개발비에 대한 세액공제 적용기한이 다르며 각각의 적용기한은 다음과 같다.

① 신성장동력․원천기술연구개발비 : 2021.12.31.까지 발생한 해당 연구․인력개발비에 대해 적용한다.

② 일반연구․인력개발비 : 적용기한이 없다.

2009.1.1. 개시하는 과세연도분부터 성장잠재력 확충을 위해 연구개발비용 세액공제 제도를 영구화하였다.

5. 연구･인력개발비 세액공제 유형별 공제대상 비용

가. 신성장동력․원천기술연구개발비 세액공제 대상 비용

다음 중 하나에 해당하는 비용을 말한다(조세특례제한법 시행령 §9①)

(1) 자체 연구개발 : 다음의 비용

(가) 다음의 연구소 또는 전담부서 등(“전담부서등”)에서 ｢조세특례제한법 시행령｣ 별표 7에 따른 신성장동력 및 원천기술 분야별 대상기술의 연구개발업무에 직접 종사하는 연구원 및 이들의 연구개발업무를 직접적으로 지원하는 사람에 대한 인건비. 다만, 일반연구개발을 수행하는 전담부서 등으로서 신성장동력 분야별 대상기술의 연구개발업무에 관한 별도의 조직을 구분하여 운영하는 경우에는 그 내부 조직을 신성장동력․원천기술개발 전담부서 등으로 본다.

① ｢기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률｣ 제14조의2 제1항에 따라 미래창조과학부장관으로부터 인정받은 연구개발전담부서 또는 기업부설연구소

② ｢문화산업진흥기본법｣ 제17조의3 제1항에 따른 기업부설창장연구소 또는 기업창작전담부서

③ 연구개발서비스업을 영위하는 기업으로서 신성장동력산업연구개발업무만을 수행하는 위 ①, ②의 전담부서 등 및 연구개발서비스업을 영위하는 기업

(나) 신성장동력․원천기술연구개발업무를 위하여 사용하는 견본품, 부품, 원재료와 시약류 구입비.  한편, 2017.2.7. 조세특례제한법 시행령 개정으로 별표 7의 신성장동력 분야별 대상기술과 별표 8의 원천기술 분야별 대상기술을 하나로 통합․재편․확대하여 별표 7의 신성장동력․원천기술 분야별 대상기술로 개정하였다(별표 8은 삭제). 다만, 2017.2.7. 전에 신성장동력산업 해당 기술과 원천기술을 얻기 위하여 발생한 비용에 대해서는 별표 7 및 별표 8의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

(2) 위탁․공동연구개발

대학, 전문대학, 국공립 연구기관, 정부출연기관, 비영리법인(비영리법인 부설 연구기관 포함, 기업의 연구기관 또는 전담부서등, 연구개발 서비스업 영위기업 등에 신성장동력 또는 원천기술연구개발업무를 위탁함에 따라 발생한 비용 및 이들 기관과 공동으로 연구개발을 수행함에 따라 발생한 비용

나. 일반 연구･인력개발비 세액공제 대상 비용

연구･인력개발비 중 신성장동력･원천기술연구개발비에 해당되지 않거나 신성장동력･원천기술연구개발비를 선택하지 않은 연구･인력개발비를 말한다(조세특례제한법 §10① 3).

다. 연구･인력개발비 세액공제 대상에서 제외되는 비용

｢조세특례제한법 시행령｣ 별표 6에 규정된 비용에 해당 되더라도 다음 항목의 비용은 연구･인력개발비 세액공제 대상에서 된다.(조세특례제한법 §8①).

① 아래의 법령에 따라 출연금 등을 지원받아 연구․인력개발비로 지출하는 금액(조세특례제한법 시행령 §8①).

ⓐ ｢기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률｣(조세특례제한법 §10의2①)

ⓑ ｢산업기술혁신 촉진법｣, ｢정보통신산업 진흥법｣, ｢중소기업기술혁신 촉진법｣(조세특례제한법 시행령 §9의2①)

ⓒ ｢부품･소재전문기업 등의 육성에 관한 특별조치법｣, ｢연구개발특구의 육성에 관한 특별법｣, ｢기초연구진흥 및 기술개발 지원에 관한 법률｣(조세특례제한법 시행규칙 §7의3)

② 국가, 지방자치단체, ｢공공기관의 운영에 관한 법률｣에 따른 공공기관 및 ｢지방공기업법｣에 다른 지방공기업으로부터 연구개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

6. 연구･인력개발비 공제세액 계산

“가”와 “나”를 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세․법인세에서 공제한다.

가. 신성장동력･원천기술연구개발비

과세연도에 발생한 ×[100분의 20(중소기업은 100분의 30, 코스닥상장중견기업은 100분의 25) ＋ 해당 과세연도의 수입금액에서 신성장동력 및 원천기술연구개발비가 차지하는 비율 × 3배[100분의 10(코스닥상장중견기업은 100분의 15) 한도]

나. 일반연구․인력개발비 : ①과 ② 중 선택

다만, 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구․인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구․인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구․인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 ②에 해당하는 금액

① (해당 과세연도에 발생한 일반연구․인력개발비 - 직전연도 일반연구․인력개발비)×100분의 25(중견기업은 100분의 40, 중소기업은 100분의 50)

② 해당 과세연도에 발생한 일반연구･인력개발비 × [해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구･인력개발비가 차지하는 비율×2분의 1(100분의 2 한도)](중소기업은 100분의 25, 중소기업이 규모의 확대등으로 중소기업에 해당하지 아니하는 경우에는 다음의 구분에 따른 비율)

ⓐ 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지 : 100분의 15

ⓑ ⓐ의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지 : 100분의 10

ⓒ ⓐ와 ⓑ에 해당하지 아니하는 경우 : 100분의 8

7. 구분경리

신성장동력･원천기술연구개발비 세액공제를 적용받고자 하는 내국인은 일반연구･인력개발비와 신성장동력･원천기술연구개발비를 구분경리하여야 한다.

Ⅴ. 주요국의 연구･인력개발비 세액공제 제도

1. 미국

가. 연구개발에 대한 조세지원제도 개요

미국은 연구개발 조세지원을 위해 연구개발비 비용공제와 연구세액공제 제도를 운영하고 있다. 연구개발비 비용공제는 발생한 연구개발비를 해당 과세연도에 즉시 비용으로 공제하거나 이연하여 상각할 수 있으며, 연구세액공제는 “적격 연구개발” 개념을 도입하여 세액공제를 적용받을 수 있는 연구개발비를 정의하고 다소 복잡한 방식의 세액공제계산 제도를 운영하고 있다.

Code Sec. 174

Code Sec. 41

손원익･송은주･박수진, ｢주요국의 연구개발(R&D) 조세지원 대상비용 조사｣, 한국조세재정연구원, 2012.12., 38면

나. 연구개발비 비용공제

연구개발비용은 사업과 관련하여 발생하는 실험･연구와 관련된 비용을 의미한다. 대상 연구개발비는 제품의 개발･개선과 관련한 불확실성 제거를 위한 정보발견을 위해 사용되어야 한다. 연구개발을 위한 기계장치, 소프트웨어 등 자본적지출도 당기에 비용으로 공제할 수 있다. 경영지원관리, 고객 설문조사, 광고 및 판매촉진, 품질관리, 인문･역사 등과 관련된 비용은 연구개발비 비용공제 대상에 해당하지 않는다.

김학수･원종학･김빛마로, ｢R&D 조세지원제도의 세무행정 개선방안｣, 한국조세재정연구원, 2017.12., 40면

다. 연구개발 세액공제

(1) 세액공제 개요

Code Sec. 41에서 규정하는 연구개발세액공제의 금액은 ① 일정한 기준금액을 초과하는 해당 연도 적격 연구개발비의 20%, ② 기초연구를 수행하기 위하여 지출한 금액의 20% ③ 에너지연구소컨소시엄에 지출한 금액의 20%의 합계로 계산된다.

공제세액을 계산하는 방식은 일반세액공제방식, 대체증분연구세액공제법(Alternantive Incremental Research Credit, AIRC), 대체간이세액공제법(Altermative Simplified Credit, ASC)이 있다. 납세자가 공제세액 계산방식을 별도로 선택하지 않으면 일반세액공제방식에 의해 공제세액을 계산하게 되며, AIRC 또는 ASC를 적용받고자 하는 경우에는 세무신고를 할 때 Form6765를 제출한다.

Credit for Increasing Research Activities

연구세액공제는 일반법인에게 적용되는 세액공제 중 하나의 항목으로서 해당 연도에 공제받지 못한 세액공제액은 다른 세액공제와 합산하여 직전 1년으로 소급하여 공제받거나 20년간 차기연도로 이월하여 공제받을 수 있다.

(2) 세액공제 산출방법

① 일반세액공제방식에 의한 세액공제액 산출방법은 다음과 같다.

IRS §41

연구개발비 공제세액은 기준금액(base amount)을 초과하는 금액과 적격연구개발비의 50% 중에서 적은 금액의 20%[Min(당기 적격연구개발비-기준금액, 당기 적격연구개발비의 50%)×20%]이다.

기준금액(base amount)의 의미는 기업이 연구개발 투자에 대한 의사결정을 할 때 세제상 지원이 없더라도 자발적으로 투자할 수 있는 정도를 말하며, 세액공제제도 도입 직전 3년간 지출한 연구개발비의 이동평균금액으로 한다. 1989년 세액공제제도를 개정하면서 기준기간을 1984～1988년으로 정하였다.

1984.1.1. 이전에 설립되고 기준기간 중 최소 3년간 연구활동을 수행한 기업은 기준금액을 직전 4년 평균 매출액에 고정기준비율을 곱하여 계산(직전 4년 평균 매출액 × 고정기준비율)하며, 고정기준비율(1984～1988년까지의 적격연구비/1984～1988년까지의 매출액)은 16%를 초과할 수 없고, 기준금액의 최소금액은 해당 과세연도에 발생한 적격연구비의 50%로 한다.

1983년 이후 설립되거나 기준기간 중에 연구활동 및 매출액이 발생한 기간이 3년 미만인 기업을 위해 적격연구비와 매출액이 발생한 첫 5년간은 3%의 자의적인 기준비율을 적용할 수 있도록 하고 이후에 기준비율이 조정된다.

② 대체증분연구세액공제법에 의한 세액공제액 산출방법은 다음과 같다.

IRC §41(c)(4)에 따라 매출액에서 차지하는 연구개발비의 비중이 증가하지 않은 기업은 1996년부터 2008년까지 다음과 같은 대체 세액공제액 계산방법을 선택할 수 있다. 기준금액을 직전 4년 평균 매출액으로 하고 세액공제금액을 다음 3단계에 거쳐 산출된 금액의 합으로 한다.

공제세액 = ⓐ + ⓑ + ⓒ

ⓐ 기준금액 1% 초과 1.5% 이하 적격연구개발비의 3%

ⓑ 기준금액 1.5% 초과 2% 이하 적격연구개발비의 4%

ⓒ 기준금액의 2% 초과 적격연구개발비의 5%

위 대체증분연구세액공제법은 The Emergency Economic Stabilization Act에 의해 2009년에  폐지되었다.

③ 대체간이세액공제법에 의한 세액공제 산출방법은 다음과 같다.

대체간이세액공제법에 의한 세액공제방법은 매출액을 고려하지 않고 매출액의 규모에 관계 없이 지출한 연구개발비만으로 세액공제액을 산출한다. 과거 3년간 지출한 적격연구개발비 평균액을 초과하는 적격연구비의 14% 또는 과거 3년간 적격연구개발비 지출이 없는 과세연도가 있는 경우에는 해당 과세연도에 발생한 적격 연구비의 6%를 세액공제 한다.

라. 적격 연구개발 활동(Qualified research)

적격 연구개발활동은 Code Sec. 41(d)(1)에서 규정하고 있는데 네가지 요건을 충족하여야 한다. 첫째, 연구활동과 지출 비용은 Code Sec. 174의 정의에 부합해야 한다. 둘째, 연구활동은 자연과학기술 관련 정보를 발견하기 위해 수행해야 한다. 셋째, 발견된 정보는 새롭거나 개선된 비즈니스 구성요소의 개발을 위해 사용되어야 한다. 넷째, 실질적으로 모든(substantially all) 연구활동은 실험적 절차의 요소들로 구성되어야 한다.

적격 연구개발 활동 해당 여부 판단을 위한 네가지 요건은 전반적인 비즈니스 구성요소 단계에서 고려되어야 한다. 그러나, 이러한 요건을 충족하지 못할 경우에는 축소규정에 의해 그 다음 중요 하위비즈니스 구성요소 단계에서 다시 검토하여야 한다.

Reg. §1.41-4(b)(2) : The Shrinking back Rule

적격 연구개발비 해당 여부를 섹션 174 테스트에 따라 결정한다. 연구개발비는 납세자의 사업을 위하여 지출되어야 하고, 과학실험적 의미 또는 연구실험적 의미를 가지는 연구개발이어야 한다.

연구개발 활동이 신제품의 개발 또는 개선과 관련하여 불확실성을 제거할 수 있는 정보발견을 위한 활동인 경우 해당 비용은 과학실험적 의미 또는 연구실험적 의미를 가지는 연구개발비에 해당한다.  불확실성은 이용 가능한 정보에 의해 제품 개발 또는 개선 방법, 제품의 적절한 설계가 확립되지 않으면 존재한다. 적격 연구개발비 해당 여부는 개발 중인 개선 또는 제품이나 개선이 나타내는 과학기술적 진보의 정도에 의해 결정되는 것이 아니고 지출과 관련된 활동의 성격에 따라 결정된다.

과학기술정보 테스트를 통해 연구활동이 자연과학기술 관련 정보 발견을  위하여 수행되었는지 여부를 판단한다.

테스트는 첫째, 정보발견에 사용된 실험절차는 자연과학, 생명과학, 엔지니어링, 컴퓨터공학을 기반으로 하여야 한다. 둘째, 불확실성 제거를 위해 수행하는 연구활동은 정보발견 목적으로 수행한 것으로 본다. 셋째, 새롭거나 개선된 비즈니스 구성요소 개발을 위해 사용되어야 한다. 넷째, 특허권 획득은 비즈니스 구성요소의 개발 또는 개선 관련 불확실성을 제거할 수 있는 정보를 발견했다는 확실한 증거가 될 수 있는데 이는 일종의 특허권 안전조항이며,  특허권 획득 자체가 적격연구를 의미하지는 않는다.

Reg. section 1.41-(a)(3)(i),(ii)

비즈니스 구성요소 테스트를 통해 적격연구활동 여부를 결정하게 되는데, 비즈니스 구성요소는 라이선스, 판매, 임대를 위하여 보유하거나 사업을 위해 사용하는 생산, 공정, 컴퓨터 소프트웨어, 전문기술, 공식, 발명을 의미한다. 다만, 양식, 기호, 미용, 정기적인 설계 요소는 포함되지 않는다.

과학실험적 절차 테스트를 통해 적격 연구활동 여부를 결정하게 되는데,  과학실험적 절차는 연구활동 초기 결과나 결과의 설계를 완성하기 위한 능력 또는 방법에 불확실성이 존재하는 경우, 그 결과 획득을 위해 하나 이상의 대안 평가를 목적으로 설계된 절차를 말한다.

Code Sec. 41에서 정의하고 있는 불확실성은 적격목적과 관련되고 근본적으로 자연과학, 엔지니어링, 생명과학, 컴퓨터 공학을 기반으로 하는 과학 실험적 절차의 세가지 구성요소를 통해 해결하여야 하는데, 첫째 불확실성 인식, 둘째 불확실성 제거를 위한 대안식별, 셋째 대안평가 절차의 확인과 수행이다. “실질적으로 모든” 규정이 적용되는데, “실질적으로 모든” 규정이란 비용이나 일관되고 합리적 기준에 따라 측정된 각 비즈니스 구성요소를 위한 연구활동의 80% 이상이 적격목적을 위한 과학실험적 절차를 구성하여야 한다는 것을 의미한다.

substantially all rule

Reg. section 1.41-4(a)(6)

적격 연구활동에서 제외되는 연구활동은 Code Sec.41(d)(4)에서 규정하고 있는데 적격 연구활동에 해당하지 않는 연구활동은 다음과 같다.

① 상업적 생산 이후의 연구활동으로서 제품생산이 개시된 이후에 수행된 연구, 완성된 비즈니스 구성요소를 위한 제작준비, 제품생산을 위한 공구준비, 시제품 생산, 생산기계․절차상 오류 감지 및 고장수리, 생산절차와 관련된 데이터 축적, 비즈니스 구성요소의 오류 제거 등

② 기존 비즈니스 요소의 수정으로서 특정한 고객의 요구나 필요에 따라  비즈니스 요소를 수정하는 것과 관련된 연구활동 등

③ 기존 비즈니스 구성요소의 재생산과 관련된 연구활동

④ 시장조사 연구 등으로서 효율성 조사․분석, 재무데이타의 준비․분석, 경영조직계획의 개발, 종업원 훈련 프로그램, 경영관리기능․기법, 광고․판매촉진 활동, 일상데이타 수집활동, 품질관리를 위한 일상적 실험․정밀검사 등

⑤ 급여, 회계시스템 등 경영지원 또는 관리 등을 위한 내부용 소프트웨어 개발. 다만, 적격연구활동․세액공제 요건을 충족하는 생산절차를 위한 소프트웨어 개발은 제외

⑥ 미국, 미국 자치령 외의 지역에서 수행된 연구

⑦ 사회과학, 예술 등과 관련된 연구

⑧ 정부단체나 타인 등으로부터 보조금, 위탁계약 등의 형태로 자금을 지원받은 경우로서 납세자가 연구활동을 위한 비용을 지출하지 않은 경우 등 지원받은 연구

마. 적격 연구개발 비용

세액공제 대상이 되는 연구개발비는 Code Sec. 41(b)(1)에 규정되어 있으며, 연구개발비용이란 해당 과세연도에 발생하는 모든 비용의 합계를 말하며, ① 자체연구비용과 ② 계약연구비용으로 구성된다.

(1) 자체연구비용

자체연구비용에는 ① 적격서비스를 수행하는 종업원에게 지출되는 인건비, ② 적격연구 수행을 위한 소모품비로 지출하는 비용, ③ 적격연구 수행 과정에서 주정부의 규정에 의해 컴퓨터 사용 권리를 위해 지출하는 비용인데 그 구체적인 내용을 살펴보면 다음과 같다.

(가) 인건비(Wages)

적격서비스를 수행하는 종업원에게 지출하는 임금․급여를 의미한다. 여기서 임금․급여란, 종업원의 서비스 수행 대가로 Code Sec. 3401(a)에서 규정하는 현과 현물급여를 포함한 모든 보수를 의미한다. 인센티브 성격의 보수나 보너스 등으로서 원천징수대상이 되는 모든 과세대상 보수를 포함한다.

사회보장세 중 고용주가 부담하는 금액은 Code Sec. 3401(a)에 규정된 근로소득세의 원천징수대상이 되는 보수에 해당되지 않으며, Code Sec. 401(k)의 적용을 받는 적격신탁에 종업원을 위해 납세자가 적립하는 금액도 Code Sec. 3401(a)에서 규정하는 근로소득세의 원천징수대상이 되는 보수에 포함되지 않으므로 자체연구비용에 해당되지 않는다.

고용계약의 취소 또는 무효로 인해 지급하는 퇴직소득은 원천징수 대상소득에 포함된다. 또, 주식매수선택권 행사이익은 Code Sec. 3401(a)에서 규정하는 보수에 해당되므로 자체연구비용에 해당한다. 그러나, 주식매수선택권 부여시점, 조건충족시점, 행사시점 중에서 어느 시점이 종업원의 적격 서비스 제공시점에 해당하는지에 대한 논란이 존재한다.

종업원은 적격 서비스(Qualified services)를 수행하여야 한다. 적격 연구(Qualified research)에 종사하거나 적격연구를 수행하는 연구 활동을 직접적으로 감독하는 활동에 종사하여야 한다. 여기서 적격연구에 종사한다는 것은 연구실 실험 수행과 같은 적격연구의 실질적인 수행을 의미하고, 직접적인 감독은 직속 및 일선의 감독관리만을 의미한다.  직접적 지원의 예로는 적격 연구활동의 결과보고서 작성인력, 적격연구에 사용되는 기계장치 관리인력 및 연구데이터 편집인력 등이 있다.

Sec. 41(b)(2)(B)

Treas. Reg. §1.41-2(c)(3)

과세기간 동안 종업원이 수행한 “실질적으로 모든” 서비스가 적격서비스로 이루어져 있다면, 적격서비스는 해당 과세기간 동안 종업원이 수행한 실질적으로 모든 서비스를 의미한다. "실질적으로 모든 규정"에 따라 일반적으로 병가 및 휴가 등을 제외하고 총 근로제공시간 중 적격서비스 수행시간의 비율이 80%를 초과하는 경우 종업원이 실질적으로 수행한 모든 서비스는 적격서비스에 해당한다. 이 때, 종업원이 적격서비스와 비적격서비스를 모두 수행하는 경우에는 적격서비스에 배분되는 금액만 자체연구비용에 해당된다.

(나) 소모품

Reg. §1.41-2(b)(2)(ii)

적격연구 수행과 직접적인 관련이 있어야 하며 추가적인 특별지출이어야 한다. 적격연구를 수행하는 건물의 전기, 수도, 천연가스 등 공공요금은 일반관리에 해당하나, 공공요금의 추가적인 특별지출이 필요한 성격의 적격연구인 경우 적격연구비에 해당한다. 소모품비의 경우 인건비와 달리 “실질적으로 모든 규정"은 적용되지 않는다.

Reg. §1.41-2(b)

(다) 컴퓨터 사용 권리

적격연구 수행을 위해 컴퓨터 사용에 대한 권리에 지출한 비용을 말하며,  유형자산 사용 권리에 대한 지출 비용은 Section 168(f)(8)의 적용을 받는 리스에 해당하며 적격연구개발 비용에 해당되지 않는다.

(2) 계약 연구비용

계약 연구비용은 적격연구를 위하여 종업원 외 다른 사람에게 지출한 비용으로서 지출한 금액의 65% 까지 적격 연구개발 비용으로 허용한다. 계약 연구비용은 적격연구 수행 전에 체결된 계약에 의하여 지급하여야 인정된다.

계약 연구비용은 적격연구 또는 종업원이 수행하는 적격서비스를 위하여 지출하거나 발생한 용으로서 연구수행 결과 성과가 없더라도 납세자는 연구 수행에 따른 비용을 부담하여야 하며, 연구결과에 대해 납세자의 배타적인 권리 유무와 관계없이 지출한 비용이다. 성공보수 계약에 따라 지급하는 비용은 연구수행에 대한 대가가 아니므로 적격 계약연구비용에 해당되지 않으며, 선급금은 과세연도 중에 수행된 연구에 속하는 부분만 해당한다.

Code Sec. 41(b)(3)에서는 ① 적격소기업, 단과대학 및 대학교, 국가실험실이 수행하는 에너지 연구를 위한 연구비용에 대해서는 전액을 ② 적격연구 컨소시엄에 지출하는 비용에 대해서는 비용의 75%를 ③ 과학연구를 수행하는 적격 비영리기관에 의해 수행되는 적격연구를 위한 연구비용에 대해서는 비용의 65%를 적격 연구개발비로 인정한다.

여기에서, 적격 소기업이란 납세자가 해당 기업이 발행한 총 주식의 50% 미만을 보유하고, 연속되는 2개 년도의 평균 종업원 수가 500명 이하인 소기업을 의미한다.

2. 일본

가. 연구개발에 대한 조세지원 제도 개요

일본의 연구개발 비용에 대한 조세지원은 시험연구비 총액에 대한 세액공제 제도 및 시험연구비 증가분에 대한 세액공제 제도, 특별시험연구비 세액공제 제도, 중소기업 기술기반 강화세제로 이루어진다.

손원익･송은주･박수진, ｢주요국의 연구개발(R&D) 조세지원 대상비용 조사｣, 한국조세연구원, 2012, 72면

시험연구비 총액에 대한 세액공제제도는 시험연구비에 대해 8～10%의 세액공제를 한다. 중소기업 지원제도인 중소기업 기술기반강화 세제에 따라 중소기업은 12%의 공제율을 적용하므로 대기업에 비해 1.2배에서 1.5배 많은  세액공제 혜택을 받을 수 있다. 시험연구비 증가분에 대한 세액공제는 증가한 시험연구비의 5% 또는 매출액의 10%를 초과하는 시험연구비에 공제율을 적용한다. 특별시험연구비 세액공제율은 12%에서 시험연구비 총액에 대한 공제비율을 차감한 공제율을 적용하고, 중소기업 기술기반 강화세제와는 중복하여 적용할 수 없다.

시험연구비와 특별시험연구비에 대한 정의는 조특법 제42조의4 제12항 제1호 및 제3호에서 각각 규정하고 있다. 시험연구비는 ‘제품의 제조 또는 기술의 개량․고안․발명과 관련된 시험연구를 위해 필요로 하는 비용으로서 정령에서 정한 것’이며, 특별시험연구비는 ‘시험연구비 중 국가의 시험연구기관 또는 대학과 공동으로 수행하는 시험연구, 국가의 시험연구기관 또는 대학에 위탁한 시험연구, 해당 용도에 관련된 대상자가 소수인 경우 그 의약품에 관한 시험연구’이다.

자본적 지출에 해당하는 연구개발용 감가상각자산 취득비는 일반 감가상각자산과 같이 법정 내용연수에 따라 감가상각을 하도록 하고 있다. 다만, 연구개발용 자산은 일반 감가상각자산에 비해 짧은 내용연수를 적용하며,  감가상각비는 시험연구비의 범위에 포함된다.

<표 5>는 일본의 시험연구비 세액공제제도를 요약 정리한 것으로, 증가형과 고수준형은 납세자가 선택적으로 적용할 수 있으며, 중소기업은 B+C 또는 B+D, 대기업은 A+C 또는 A+D 중에서 유리한 방법을 선택하여 적용할 수 있다. 연구개발 조세지원제도는 청색 신고서를 제출하는 법인에 한하여 적용받을 수 있다.

<표 5> 일본의 시험연구비 세액공제 제도

구분	총액형		증가형(C)	고수준형(D)
	대기업(A)	중소기업(B)
기준금액	시험연구비 총액		비교 시험연구비1) 초과액	평균 매출액2) × 10% 초과액
공제율	8% ～ 10%	12%	5%	세액공제율3)
공제한도	해당 사업연도 법인세의 20% 상당액		해당 사업연도 법인세의 10%	해당 사업연도 법인세의 10%

1) 해당 사업연도 개시일 전 3년 각 사업연도의 평균임

2) 해당 사업연도와 해당 사업연도 개시일전 3년 이내에 개시한 각사업연도 평균매출액

3) (시험연구비 비율 - 10%) × 0.2

시험연구비율 = 해당 사업연도 시험연구비 ÷ 평균매출액

자료 : 일본 沖縄県, 「2012 中小企業者 硏究開発稅制」

(1) 시험연구비에 대한 세액공제

일본국세청, ‘No, 5442 試験硏究費の總額に係る稅額控除制度, http://www.nta.jp/taxanswer/hojin,htm

시험연구비에 대한 세액공제는 해당사업연도에 발생한 시험연구비 총액을을 기준으로 하는 세액공제와 직전 3년간 발생한 시험연구비 대비 해당 사업연도에 증가한 금액을 기준으로 하는 세액공제로 구성된다. 즉, 해당 연도 손금에 산입한 시험연구비가 일정한 규모를 초과하는 경우에 해당 사업연도 총 발생비용에 대한 세액공제와는 별도로 증가한 금액에 대한 세액공제를 적용할 수 있다.

(가) 총액기준 세액공제

시험연구비 총액에 대한 세액공제는 시험연구비의 일정비율에 해당하는 금액을 해당 사업연도의 법인세액에서 공제하는 제도이다. 중소기업기반기술 강화세제와 중복하여 적용 할 수 없으며, 해산(합병에 따른 해산 제외)일이 속하는 사업연도와 청산일이 속하는 달의 사업연도를 제외하고 적용할 수 있다.

총액기준은 해당 사업연도에 손금 산입한 시험연구비에서 세액공제비율을 곱하여 산출한 금액을 한도로 세액공제 한다. 총액기준에 의한 세액공제비율 계산은 시험연구비의 비율이 10% 이상인 경우에는 10% 이고, 시험연구비의 비율이 10% 미만인 경우에는 8% + (시험연구비 비율 × 02.)로 계산한다.

해당 사업연도에 손금 산입한 시험연구비÷평균 매출액(당해 사업연도와 당해 사업연도 개시일전 3년 이내에 개시하는 각사업연도의 평균매출액)

세액공제한도액은 해당 사업연도 법인세의 20%를 초과할 수 없다. 해당 세액공제를 적용받기 위해서는 공제받을 세액을 확정신고서 등에 기재하고 공제세액의 산출 명세서를 첨부하여 신청하여야 한다. 세액공제 한도액이 법인세의 20%를 초과하여 신청한 세액공제금액을 모두 공제하지 못한 경우에는 1년간 이월공제가 가능하다.

(나) 증가분에 대한 세액공제

시험연구비 증가분에 대한 세액공제제도는 시험연구비가 일정금액을 초과하는 경우에는 해당 사업연도 시험연구비 총액에 대한 세액공제와 별도로 세액공제를 할 수 있다. 일정금액을 초과하는 경우란, 해당 사업연도 시험연구비가 ① 비교시험연구비와 기준시험연구비를 초과하는 경우, ② 평균매출액의 10%를 초과하는 경우 두 가지 유형으로 산출할 수 있다.

해당 사업연도 시험연구비가 비교 시험연구비 및 기준 시험연구비를 초과하는 형태를 증가형이라 하고, 공제한도액은 비교 시험연구비를 초과하는 시험연구비의 5%이다. 해당 사업연도 시험연구비가 평균 매출액의 10%를 초과하는 경우 적용할 수 있는 세액공제를 고수준형이라 하고, 공제한도액은 평균매출액의 10%를 초과하는 시험연구비에 초과세액율을 곱한 금액이다. 증가형과 고수준형 각 세액공제한도액 계산방법은 다음과 같다.

① 증가형 : (시험연구비 - 비교시험연구비1) 또는 기준시험연구비2)) × 5%

1) 해당 사업연도 개시일 전 3년 이내 개시한 사업연도에 손금 산입한 시험연구비 평균액

2) 해당 사업연도 개시일 전 2년 이내 개시한 사업연도에 손금산입한 시험연구비 중 최고액

② 고수준형 : (시험연구비 - 평균 매출액의 10%) × 초과세액 공제비율1)

1) (시험연구비 비율2) - 10% ) × 0.2

2) 해당 사업연도에 손금 산입한 시험연구비 ÷ 평균매출액3)

3) 해당 사업연도 및 해당 사업연도 개시일전 3년 이내 개시한 각사업연도 매출액 평균

시험연구비 증가분에 대한 세액공제한도액이 해당 사업연도 법인세의 10%를 초과하는 경우에는 법인세의 10%를 한도로 한다.

(2) 중소기업기술기반 강화세제

중소기업기술기반 강화세제는 중소기업이 해당 사업연도에 손금에 산입하는 시험연구비가 있는 경우, 그 시험연구비의 일정비율 상당액을 해당 사업연도 법인세에서 공제한다. 중소기업기반기술 강화세제는 시험연구비 총액에 대한 세액공제 또는 특별시험연구 세액공제와 중복적용 할 수 없다.

대상 법인은 청색신고서를 제출하는 중소기업, 농업협동조합 등이며 중소기업 해당 여부에 대한 판단은 자본금 또는 종업원 수를 기준으로 한다.  자본금 기준은 자본금 또는 출자금이 1억엔 이하의 법인이며, 대기업의 자회사는 제외한다. 즉, 동일한 대규모 법인이 발행주식 총수 또는 출자총액의 50% 이상을 소유하고 있는 법인과 2개 이상의 대규모 법인이 발행주식 총수  또는 출자총액의 3분의 2 이상을 소유하고 있는 법인은 제외한다. 자본금 또는 출자금이 없는 경우에는 상시 사용 종업원 수가 1,000명 이하인 법인이 해당된다.

자본금․출자금 1억엔 이상 법인 또는 자본이나 출자를 가지지 않는 법인 중 상시 사용 종업원 수 1,000명 초과 법인

과다한 지원을 제한하기 위해 다음의 해당 사업연도에는 동 세액공제를  적용할 수 없도록 하고 있다.

① 시험연구비 총액 세액공제 또는 특별시험연구 세액공제를 적용 받는 사업연도

② 시험연구비 총액 세액공제 또는 특별시험연구 세액공제의 이월세액공제를 적용는 사업연도

③ 해산일(합병에 의한 해산 제외)이 속하는 사업연도

④ 청산중에 있는 사업연도

공제한도액은 해당 사업연도에 손금에 산입된 시험연구비에 12%를 곱한 금액이다. 중소기업 등 세액공제한도액이 해당 사업연도 법인세의 20%를 초과하는 경우, 법인세의 20%를 한도로 한다. 시험연구비 증가분 세액공제 적용이 가능한 경우에는 중소기업기술기반강화세제 세액공제 한도액과는 별도로 증가분 세액공제 적용이 가능하다. 중소기업기술기반강화세제에 의한 세액공제 적용에 있어서, 중소기업 등 세액공제 한도액이 법인세의 20%를 초과하여 중소기업 등 세액공제 한도액을 모두 공제할 수 없는 경우에는 공제받지 못한 금액에 대해 1년간 이월공제 한다.

(3) 특별시험연구에 관한 세액공제

특별시험연구에 관한 세액공제는 해당 사업연도에 손금 산입한 시험연구비 중에서 특별시험연구비가 있는 경우, 그 특별시험연구비의 일정비율의 금액을 법인세에서 공제한다. 특별시험연구에 관한 세액공제는 중소기업기술기반강화세제와는 중복적용이 안된다. 또한, 해산(합병에 의한 해산은 제외)일이 속하는 사업연도와 청산중에 있는 사업연도에는 적용할 수 없다.

세액공제 한도액은 해당 사업연도에 손금산입 한 특별시험연구비에 특별연구 세액공제비율을 곱하여 계산한다. 특별연구세액공제 한도액이 해당 사업연도 법인세의 20%에서 시험연구비 총액에 대한 세액공제에 따라 공제된 금액을 차감한 후의 잔액을 초과하는 경우 그 잔액을 한도로 한다. 특별연구세액공제 한도액이 법인세의 20%를 초과하여 특별연구세액공제 한도액을 모두 공제할 수 없는 경우에는 미공제 금액은 1년간 이월하여 공제할 수 있다.

12% - 시험연구비 총액에 대한 세액공제율

나. 적격 연구개발 활동

개발연구는 기초연구 및 응용연구를 거쳐 마지막 단계에서 제품화하는 연구이므로 세액공제 대상에 해당 하는지 여부는 그 연구가 완성된 정도에 따라 다르다. 즉, 제품화가 확실하지 않은 단계는 연구활동 그 자체이며, 그 비용은 세액공제 대상 시험연구비에 해당하지만 일단 제품화가 구체화되고 양산 체제로 들어가면 제조비용에 해당하므로 시험연구비에 해당하지 않는다. 따라서, 이러한 비용은 회계처리 시 기말에 제조원가 및 재고자산으로 계상해야 한다. 개발연구는 제품의 완성에 따라 시험연구비와 다르게 취급되므로 사전에 연구계획 및 연구의 진행상황과 완성 정도를 파악하고 연구비에 대한 회계처리에 있어서도 시험연구비 및 제조비용과 명확히 구분하여야 한다.

다. 적격 연구개발 비용

조세지원의 대상이 되는 경상 연구개발 비용에 대해 조특법은 시험연구비와 특별시험연구비로 구분하여 정의하고 있다. 연구개발용 자산에 대한 자본적 지출은 적격 연구개발비의 범위에 포함되지 않으며 일반 자산과 같이 감가상각을 하되, 내용연수 특례를 적용한다. 다만, 감가상각비용은 시험연구비 세액공제의 범위에 포함된다.

(1) 시험연구비

시험연구비는 각사업연도 법인세 과세소득 계산 시 손금에 산입된 것에 한하여 세액공제 한다. ‘시험연구비’란 제품의 제조, 기술 개량, 발명 또는 고안에 관련된 시험연구를 위해 지출하는 비용으로서 시험연구에 필요한 원재료비, 인건비, 경비, 위탁연구비, 기술연구조합에 지불한 부과금, 시험연구를 위해 사용하는 자산의 감가상각비 등의 비용이며, 시험연구에 충당하기 위하여 타인으로부터 지급 받는 금액이 있는 경우에는 그 금액을 공제한 금액이 시험연구비 총액이다.

措法 42の4①

措法 42の4 ⑫一, 措令 27の4⑥

措法 42の4①, 措通 42の4(1)-1

(가) 인건비

인건비란 주로 연구원의 급여, 제수당, 상여, 퇴직금, 법정복리비 등이다. 다만, 세액공제 대상이 되는 ‘인건비’는 “전문적인 지식을 가지고 그 시험연구에만 독점적으로 종사하는 자”에 한한다. 따라서, 연구소 등에 속하는 직원에 대한 인건비라도 사무직원, 운전원 등 시험연구에 직접 종사하지 않는 자의 인건비는 시험연구비에 포함되지 않는다. 아울러, 연구소 등에 근무하는 자의 인건비 중 관리부문에 종사하는 자의 인건비는 제외한다.

法措通 42の4(1)-3

공장 등에서 제품의 생산에 종사하면서 연구업무도 수행하는 자 또는 사업연도 중에 단기간이라도 연구업무를 수행하는 자는 ‘시험연구에만 독점적으로 종사하는 자’가 아니므로 해당 인건비는 시험연구비에 포함되지 않는다. 연구업무를 보조하는 자의 경우, 단순히 서무 및 회계적인 업무에 종사하는 경우를 연구자의 지시 또는 명령을 받아 시험연구 활동의 일부를 수행하는 경우에는 ‘전문적인 지식을 가지고’ 시험연구 업무에 종사하는 것으로 본다.

“전문적 지식을 가지고 해당 시험연구 업무에만 독점적으로 종사하는 자”에서 ‘독점적으로’라는 요건에 대한 중소기업청의 질의와 관련하여 국세청의 회신이 있는데, 국세청의 회신에 따르면, “전문적 지식을 가지고 해당 시험연구 업무에만 독점적으로 종사하는 자”란 시험연구 조직에 속해 있는 자나 연구원으로서의 직책을 가지는 자와 같이 시험연구를 전업으로 하는 자나 전체 연구프로젝트 기간 동안 종사한 자 뿐만 아니라 연구개발 외 다른 업무를 겸임하는 경우에도 포함된다.

2003.12.25. 課法2-28 通達

다른 업무를 겸임하더라도 다음의 요건을 모두 충족하면 “독점적으로 종사하는 자”에 해당한다.

① 시험연구 프로젝트를 위해 시작부터 종료 단계까지 해당 업무를 수행하는 것은 아니지만, 연구 프로젝트 업무 중에서 그 업무를 담당하는 자가 전문적인 지식을 가지고 담당한 업무를 수행하기 위해 전속적으로 참여하는 경우

② 시험연구 프로젝트에 해당 직원의 전문적 지식이 필요하고, 해당 직원이 담당한 업무가 시험연구 프로젝트 수행 과정에서 제외시킬 수 없는 경우

③ 담당자의 참여 실태가 주로 연구프로젝트 계획에 따라 수행되며, 종사하는 기간이 전체적으로 상당 기간(대체로 1개월 이상)인 경우(다만, 담당 업무의 특성에 따라 기간 내에 간격을 두고 행하여 질 경우 그 기간을 합산)

④ 담당자의 담당업무 종사 내역이 명확하게 구분되어 담당 업무별로 인건비가 적정하게 계산되어 있는 것

‘시험연구 업무에 독점적으로 종사’한다는 것은 연간 90% 이상을 시험연구에 종사하는 것을 의미하지만, 위 처리규정에 따르면 해당 프로젝트 기간 중 1개월 이상만 종사하더라도 이에 포함된다. 이는, 일반적인 개념보다는 적용범위를 좀 더 넓게 해석한 사례라고 볼 수 있으며, 중소기업청의 질의에 대한 회신이지만 중소기업뿐만 아니라 대기업에도 적용된다.

또한, 시험연구비에 포함되는 인건비와 관련하여, 예를 들어 종업원이 시험연구 업무에 70%를 종사하고 제조업무에 30%를 종사하는 경우, 그 종업원 인건비의 70%만 시험연구비에 포함한다는 안분계산의 개념은 아니다. 따라서, 이 경우 해당 종업원은 시험연구에 독점적으로 종사하는 것이 아니므로 해당 인건비는 모두 시험연구비에 포함되지 않는다. 이에 대해 위 처리규정은 연구프로젝트 업무에 참가하는 자에 대한 인건비의 안분계산 개념을 인정하는 것이다.

시험연구비에 해당하는 인건비 구성 항목을 구체적으로 열거하고  있지 않지만, 법인세법상 손금으로 한정하고 있기 때문에 법인세법상 손금 규정을 살펴볼 필요가 있다. 연구개발 인력의 요건을 충족하는 자의 급여, 수당, 상여금, 퇴직금,  법정복리비(건강보험법에 의한 사업자 부담금 등), 복리후생비(의무, 보험 기타 직원의 복리후생비용) 등의 비용은 시험연구비의 인건비에 해당한다.

세무상 급여에는 상여․퇴직금이 포함되고 지급받는 자가 임원인지 사용인인지에 따라 세무상 다르게 처리한다. 법인세법상 임원이란 회사법 등의 규정에 따라 이사, 집행역, 회계참여, 감사역, 이사, 감사 등 법인의 경영에 종사하는 자를 말한다. 사용인겸직 임원은 직제상 임원 및 사용인의 지위를 모두 갖는 자로서, 사용인겸직 임원에게 지급하는 상여 중 사용인부분은 손금에 산입될 수 있지만 세무상 일반 임원과는 다르게 취급한다(法法34①).

사용인에 대한 급여는 손금에 산입하는 것이 원칙이지만 특수관계 사용인에 대한 급여 중 과다지급한 부분의 금액은 손금에 산입하지 않는다(法法 36). 임원의 경우, 급여 및 퇴직금은 원칙적으로 손금에 산입되지만 은폐되었거나 허위의 회계처리에 의해 지급한 금액과 과다지급한 부분은 손금불산입한다.

법인이 금전 이외의 현물 또는 권리 등 경제적 이익을 제공한 경우, 이는 급여를 지급한 것과 같은 경제적 효과가 있기 때문에 원칙적으로 급여로 처리한다.(法法 34④ 基通 9-2)

임원 보수의 경우, 해당 임원이 다른 연구원들과 같이 직무가 구체적이고, “전문적인 지식을 가지고 그 시험연구업무에 독점적으로 종사하는 자”의 요건을 충족한다면 시험연구비에 해당한다. 이 경우, 시험연구비에 해당하는 임원의 보수는 임원의 연구업무 실태와 다른 연구원에 대한 인건비를 고려하여 그 금액이 연구자의 담당직무에 대한 금액으로 적합해야 한다. 퇴직금은 근무기간 중 연구원으로 있었던 경우 기간을 안분하여 연구개발에 독점적으로 종사하였던 기간만을 시험연구비에 포함한다. 교육비 등 직원을 고용함에 따라 지출하는 간접비용은 시험연구비에 해당되지 않는다.

스톡옵션은 개인으로부터 제공받은 용역의 대가로 신주예약권을 발행한 경우, 그 개인이 제공한 용역은 소득세법 등의 규정에 따라 급여에 대한 과세사유가 발생한 날에 용역을 제공받은 것으로 보아 법인세법을 적용한다(法法54①). 이때 그 용역의 제공 대가는 회계상으로는 권리확정일 이전에 비용으로 계상하는 데 반해 세무상으로는 신주예약권을 행사하는 날이 속하는 사업연도에 손금으로 인식한다.

연구개발 활동은 연구시설 내에서만 이루어지는 것이 아니다. 건설업의 경우 대부분 건설공사 현장에서 연구개발이 진행된다. 이와 같이 연구시설에서의 실험이 사실상 곤란한 경우 등 연구시설 기능을 현장에서 대체하는 명백한 사유가 있는 경우 현장에서의 연구개발도 인정되는데 이를 위해서는 건설공사 현장에서의 연구개발 활동과 시공에 해당하는 활동을 명확하게 구분해야 한다.

(나) 원재료비

원재료비는 시험연구를 위해 사용된 원료 및 재료의 비용이다. 즉, 시험연구를 위한 원재료비 및 보조원재료비, 부품비 및 소모품비, 소모공구 및 기구비품비, 시작품비 등이다. 이러한 원재료비는 적정한 원가계산에 의해 파악하여야 하며, 재고자산 또는 고정자산은 원재료비에 포함되지 않는다.  원칙적으로 시험연구를 위해 사용한 재료비는 사용 시점에는 손금에 산입된다. 다만, 제품 제조를 위해 사용하는 재료와 동일한 재료를 시험연구에 사용하는 경우에는 소비한 날, 수량, 용도 등을 기록함으로써 제조에 사용된 것과 구분이 가능하다.

(다) 위탁연구비

위탁연구비는 타인에게 위탁하여 시험연구를 행한 법인이 해당 시험연구를 위해 위탁을 받은 자에게 지급한 비용이다. 타인에는 시험연구를 행한 법인과 연결완전지배관계에 있는 다른 연결법인을 포함한다. 위탁연구비는  위탁연구가 종료되어 결과를 수령한 시점에 시험연구비로 손금에 산입하는 것이 원칙이며, 금전 뿐만 아니라 시험연구용 재료 또는 기구 등 현물을 교부하는 경우 그 비용도 포함한다.

措令 27の4⑦

(라) 경비

경비는 시험연구를 위한 자산의 감가상각비, 외주가공비, 복리후생비, 여비교통비, 도서 인쇄비 등이다. 시험연구자산 폐기 손실 중 시험연구 과정에서 통상적으로 행해지는 대체의 경우도 시험연구비에 포함한다.  그러나, 재해 또는 연구항목의 폐지 등에 따라 임시적․우발적으로 발생한 폐기 손실은 시험연구비에 포함하지 않는다. 회계기준에서는 특정 연구개발을 위해 사용되어 다른 용도로 전용할 수 없는 기계장치는 취득시 개발비용으로 처리하게 되어 있지만 세법에서는 연구개발용 기계장치를 특별하게 취급하지 않는다.

法措通 42の4(1)-5

연구개발용 감가상각자산은 통상의 감가상각자산보다 짧은 내용연수가 적용되며, 특정 연구개발 활동이 종료되어 해당 기계장치가 폐기 또는 해체되는 경우 그 시점에 시험연구비용으로 처리된다.

(마) 연구를 수탁받은 경우

시험연구비 세액공제가 위탁연구에 적용되는 것과 같이 수탁연구와 관련한 시험연구비도 세액공제를 적용받을 수 있다. 다만, 동일한 연구활동에서 발생한 시험연구비를 위탁자와 수탁자 모두가 세액공제를 받을 수는 없으므로 수탁자가 세액공제를 받을 수 있는 금액은 시험연구비 중 타인으로부터 지급받은 금액을 제외한 금액이다. 타인으로부터 지급받은 금액이란 국가로부터 지급받은 보조금, 취탁연구비 등이다.

(2) 특별시험연구비

‘특별시험연구비’란 기업, 대학, 공공연구기관이 산학간 연계를 통해 공동연구 및 위탁연구를 위해 지출하는 비용으로 국가의 시험연구기관 또는 대학과 공동으로 수행하는 시험연구, 국가의 시험연구기관 또는 대학에 위탁한 시험연구, 해당 용도 관련 대상자가 소수인 의약품에 대한 시험연구, 기타 정령에서 정하는 시험연구 등과 관련된 비용을 의미한다.

措法 42の4⑫三

여기서 정령에서 정하는 시험연구란 다음과 같다.

① 특별시험연구기관과 공동으로 수행한 시험연구로서 해당 특별시험연구기관과의 계약이나 협정에 따라 행해지는 것

② 특별시험연구기관 등에 위탁한 시험연구로서 해당 특별시험연구기관과의 계약이나 협정에 근거하여 행해지는 것

③ 대학 등과 공동으로 수행한 시험연구로서 해당 대학 등과의 계약이나 협정에 따라 연구원을 해당 대학 등에 파견하여 행한 것

④ 대학 등과 공동으로 수행한 시험연구로서 해당 기술수준 향상에 현저한 기여를 한 것으로 해당 기술을 관할하는 장관이 인정하고 해당 대학 등에 파견 또는 해당 대학 등의 연구원을 받아들여 행한 것

⑤ 대학 등에 위탁한 시험연구로서 해당 시험연구가 기술수준 향상에 현저한 기여를 한 것으로 관할하는 장관이 인정하고 해당 대학 등과의 계약이나 협정에 따라 행한 것

⑥  ｢약사법｣에서 규정한 희소질병용 의약품이나 희소질병용 의료기기에 관한 시험연구로서 ｢독립행정법인의약기반연구소법｣의 규정에 의한 조성금 교부 대상 기간에 행해지는 것

공동연구에서 적격특별시험연구비에 포함되는 비용은 다음과 같다.

① 원재료비는 해당 공동시험연구 수행에 직접 필요한 실험용재료, 실험부품작성재료, 소모품 등 원재료의 매입에 소요된 비용이다.

② 인건비는 공동시험연구에 직접 종사하는 자와 관련된 연구자․연구보조자와 관련되는 급여, 임금 등의 비용이다. 인건비는 전문적 지식을 가지고 시험연구만 전담하여 수행하는 사람과 관련된 것이므로 사무직원 등과 같이 시험연구에 직접 종사하지 않는 사람과 관련된 비용은 포함되지 않는다.

③ 여비는 공동시험연구에 직접 종사하는 자가 해당 공동시험연구의 수행을 위해 직접적으로 필요한 비용으로서 연구자․연구보조자의 자료수집비, 조사비 등이다.

④ 경비는 공동시험연구를 수행하기 위해 해당 대학 등에서 사용되는 기계장치, 공구 비품 등의 구입에 필요한 비용으로서 대학 등이 소유하는 것에 한한다.

⑤ 외주비는 공동시험연구 수행에 직접 필요한 비용으로서 설계료, 위탁시험료, 기기운반료 등이다.

(3) 연구개발용 감가상각자산

연구개발용 감가상각자산은 일반 감가상각자산과 같이 법정 내용연수에 따라 감가상각을 하여야 하며 자산의 취득가액을 일괄적으로 손금 처리할 수 없다. 연구개발용 기계장치 등 자산에 대해서는 감가상각비를 시험연구비로 처리한다. 감가상각 자산의 내용연수는 법으로 정해져 있으며 자산의 종류․구조․용도 등에 따라 적용되지만, “연구개발용 감가상각자산”의 내용연수는 용도에 대한 특례로서 별도로 정하고 있다. 여기에서 ‘연구개발’이란 “새로운 제품의 제조, 새로운 기술의 발명, 실제로 기업화된 기술의 현저한 개선을 위해 특별히 진행하는 시험연구를 말한다”라고 규정하고 있어 ‘시험 연구비’에 비해 적용기준이 엄격하다. 즉, 새로운 제품의 제조, 새로운 기술의 발명 등에 대해서는 현저한 개선을 목적으로 연구하는데 사용하는 감가상각자산이 아니면 적용할 수 없다.

연구개발용 자산은 기업의 연구개발 활동 촉진 및 연구개발의 높은 위험성과 연구개발용 자산은 다른 자산보다 사용기간이 짧은 점 등을 감안하여  내용연수를 짧게 하여 가속상각을 허용하고 있다. 그러나 짧은 내용연수 적용이 가능한 것은 주로 연구개발을 위해 사용되는 것에 한정되므로 겸용자산의 경우 연구개발 용도로 사용된 정도에 따라 적용 여부가 결정된다.

<표 6> 연구개발용 자산의 법정 내용연수

종 류	내 용	내용연수(년)
건물, 건물 부속설비	건물의 일부 또는 전부를 저온실, 무향실, 항온실, 방사성동위원소 취급실 및 그 외의 목적으로 설치 또는 부속설비	5
구축물	풍향 또는 시험수 방비를 위한 벽	5
	가스, 공업약품, 안테나, 철탑, 특수용도에 사용한 것	7
공구	-	4
기구, 비품	시험․측정 기기, 계산기기	4
기계장치	범용펌프, 범용모터, 범용금속가공기계 그 외 이것들과 유사한 것	7
	기타	4
소프트웨어	-	3

Ⅵ. 연구･인력개발비 세액공제 제도 문제점 및 개선방안

1. 최저한세의 적용

가. 개요

조세특례제한법 제132조에 따른 최저한세 제도란 조세정책 목적 달성을 위해 세금을 감면해 주더라도 세부담의 형평성, 국민개납, 재정확보 등의 측면에서 소득이 있으면 누구나 최소한의 세금을 내도록 하기 위해 1991년 도입되었다. 즉, 각종 감면을 받는 경우라도 감면전 과세표준(혹은 산출세액)의 일정비율로 계산되는 최저한세는 부담하여야 하는데, 이때 감면배제의 대상이 되는 감면에는 준비금, 소득공제, 세액공제뿐만 아니라 세액감면이나 면제 등 조세특례제한법에 따른 대부분의 공제감면 혜택을 규제대상으로 한다.

현행 최저한세는 법인의 경우 각종 감면 전의 과세표준의 17%(과세표준 100억원 초과 1천억원 이하 12%, 100억원 이하 10%, 중소기업은 7%)를 적용하고, 개인의 경우 산출세액의 45%를 적용한다.

조용립, 「연구개발 조세특례 실무」, 삼일인포마인, 2015.5., 607-608면

나. 문제점 및 개선방안

중소기업 기준을 초과하여 중견기업이 되면 세액공제․감면, 정책자금, 인력공급, 판로확보 등 다방면에서 각종 혜택이 사라지기 때문에 중소기업 업계에서는 중견기업을 꺼리기도 하는데 이러한 현상을 피터팬신드롬(중소기이 누리는 혜택에 안주하여 성장을 기피하는 현상)이라고한다.

네이버 지식백과 시사상식사전 “중견기업”, 2019.2.7. 조회

정부에서는 중소기업이 중견기업으로 성장하는데 부담으로 작용하는 일자리･기술･투자 등 각종 장애요소 해소를 위해 제도를 개선하고 신규 중견기업 지원사업, 정책자금 지원강화 등의 다양한 대책도 추진하고 있다.

대책추진의 일환으로 ｢중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법｣을 제정하였는데, 이 법은 중견기업의 성장촉진 및 경쟁력 강화를 위하여 필요한 사항을 정함으로써 중소기업이 중견기업으로, 중견기업이 글로벌 전문기업으로 원활하게 성장할 수 있는 선순환 기업생태계를 구축하고, 일자리 창출 및 국민경제의 균형 있는 발전에 이바지함을 목적으로 한다.

중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법 제1조

｢중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법｣에 따르면 중견기업은「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업이 아닐 것, 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제4조에 따른 공공기관, 「지방공기업법」에 따른 지방공기업 등 대통령령으로 정하는 기관이 아닐 것, 그 밖에 지분 소유나 출자관계 등이 대통령령으로 정하는 기준에 적합한 기업을 말한다. 그러나, 조세특례제한법상 중견기업은 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제9조 제2항의 요건을 모두 갖춘 기업을 말한다.

중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법 제2조 제1호

1. 중소기업이 아닐 것

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 업종을 주된 사업으로 영위하지 아니할 것

가. 조세특례제한법 시행령 제29조 제3항에 따른 소비성서비스업

나. 「중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법 시행령」 제2조제2항제2호 각 목의 업종

3. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 「중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법 시행령」 제2조제2항제1호에 적합할 것

4. 직전 3개 과세연도의 매출액(매출액은 제2조제4항에 따른 계산방법으로 산출하며, 과세연도가 1년 미만인 과세연도의 매출액은 1년으로 환산한 매출액을 말한다)의 평균금액이 5천억원 미만인 기업일 것

연구･인력개발비 세액공제 적용 시 일반기업은 해당 과세연도에 발생한 일반연구･인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구･인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 25%를 적용하는데 반해 중견기업은 40%(중소기업은 50%)를 적용하는 등 일정부분 혜택을 제공하고 있다.

한편, 최저한세의 경우 연구･인력개발비에 대한 세액공제에 대해 중소기업은 최저한세를 적용하지 않고 있으나 중견기업을 포함하여 중소기업 외의 기업에 대해서는 최저한세를 적용한다. 그러나, 중견기업에 대해서도 성장촉진 및 경쟁력 강화를 통해 글로벌 전문기업으로 원활하게 성장할 수 있는 선순환 기업생태계 구축을 지원하기 위해 연구･인력개발비 세액공제는 최저한세 적용을 배제할 필요가 있을 것으로 본다.

조세특례제한법 제132조 제1항 제3호, 제2항 제3호

2. 연구･인력개발비 환급

글로벌 경제환경에서 경쟁하여 생존하고, 일류기업으로 성장하기 위해서는 부단한 연구･개발을 통한 신제품 개발이 필수적이다. 그러나, 중소기업의 경우 대기업과 달리 대부분 영세하고 자금 여력이 부족하여 현실적으로 연구･인력개발에 많은 투자를 하기 어렵다. 또, 혁신적인 제품은 연구･개발에 대한 많은 투자비용이 들고 단기간에 투자효과가 나타나기 어렵고 오랜 기간이 소요되는 것이 보통이다. 따라서, 영세하고 자금여력이 부족한 중소기업에 대해서는 연구･개발투자에 대해 좀 더 많은 지원을 할 필요가 있다.

조세특례제한법에 따른 세액공제는 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 조세특례제한법 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 하고 있으나, 연구개발투자의 특성을 감안하여 투자유인책의 일환으로 연구･인력개발세액공제는 중소기업에 한하여 이월공제 가능기간을 10년으로 하고 있다.

조세특례제한법 제144조 제1항

프랑스, 호주, 영국 등 주요 선진국의 경우 더 나아가 연구개발비에 대한 환급제도를 운영하고 있는데, 이는 창업 초기 투자에 비해 수익발생이 제한적인점을 보완하기 위한 것으로 보인다.

문점식･김정현･고재군, ｢연구개발비세액공제제도 개선방안에 관한 연구｣, 2009, 156면

우리나라에서도 창업중소기업, 벤처기업등에 대해 창업초기(창업 후 5년 이내 등 일정기간) 기업이 결손이 발생한 경우 연구인력개발비 세액공제 상당액에 대해 이월공제와 환급신청을 선택할 수 있도록 제도를 보완할 필요가 있다.

3. 연구･인력개발비 세액공제액 계산방법

가. 개요

우리나라의 경우 연구･개발비 세액공제액을 해당 과세연도에 발생한 비용에 일정률을 적용하여 산출하는 방식(총액방식)과 직전과세연도 대비 증가한 비용에 일정률을 적용하여 산출하는 방식(증가액방식) 중 선택하도록 하고 있다. OECD 주요국가의 연구･인력개발비 세액공제액 계산방식을 보면 대부분의 국가(18개국)이 총액기준에 따라 세제혜택을 주고 있으며 이들 국가 중 일본, 오스트리아, 포르투갈, 호주, 스페인은 증분기준도 동시에 적용할 수 있도록 허용하고 있다.

문점식･김정현･고재군, ｢연구개발비세액공제제도 개선방안에 관한 연구｣, 2009, 156면

나. 문제점 및 개선방안

총액방식의 경우 증가액방식에 비해 세액공제액을 계산하기 쉽기 때문에 납세자들이 세액공제 신청을 하기 쉽다는 장점이 있다. 반면 단점으로는 연구개발 투자유인효과가 증가액방식보다 크지 않고, 모든 연구개발투자에 대해 일정부분 세제혜택을 부여해야 하므로 세수가 감소할 가능성도 있다.

증가액방식의 경우 직전년 또는 직전 4년평균 투자액보다 더 늘려야 세액공제 혜택을 받을 수 있기 때문에 증가액방식에 비해 연구개발 투자유인효과가 더 높다고 볼 수 있다. 반면에 직전 4년간의 투자비를 관리하여야 하고, 특히 세무조사 등 과세관청의 사후관리는 일반적으로 과세표준 신고 후 몇 년 후에 이루어지기 때문에 이를 감안하면 이론적으로는 부과제척기간인 5년이 경과한 후에도 투자현황을 계속관리해야 할 필요가 있기 때문에 납세자에게 많은 부담이 지워진다.

즉, 국세기본법에 따르면 납세자는 각 세법에서 규정하는 바에 따라 모든 거래에 관한 장부 및 증거서류를 성실하게 작성하여 갖춰야 하고, 장부 및 증거서류는 그 거래사실이 속하는 과세기간에 대한 해당 국세의 법정신고기한이 지난 날부터 5년간 보존하여야 한다. 따라서, 법적으로는 5년을 초과하여 보관할 의무가 의무가 없는데도 연구･인력개발 세액공제 적정여부 검증을 위해서 법정 의무보관 기간 이후에도 일정기간 계속 관리하여야 한다는 문제점이 있다.

국세기본법 제85조의3

이론적으로는 연구개발 투자를 조금이라도 늘려야 세액공제를 적용받을 수 있기 때문에 증가액 방식이 총액방식보다 연구개발 투자유인효과가 더 높다고 할 수 있지만, 현실적으로 연구개발 투자의 경우 기업에서 연구･인력개발 세액공제 혜택을 더 받기 위해 적정수준의 재정부담능력을 초과하여 투자를 더 늘리기는 쉽지 않다. 반면, 증가액 방식은 세액계산이 복잡하고 장기간의 장부보관 의무 등 납세자의 많은 불편이 뒤따른다.

따라서, 현재의 증가액 방식과 총액방식을 병행하고 있는 공제세액 계산방식을 총액방식으로 단순화시키는 것이 바람직하다. 다만, 획일적인 총액방식 적용에 따라 세액공제액이 줄어드는 문제점을 해결하기 위해 과거 세액공제 자료에 대한 시뮬레이션을 바탕으로 총액방식에 적용하는 공제율을 일정부분 조정하는 것은 고려할 필요가 있을 것으로 본다.

4. 고유디자인의 개발을 위한 비용

가. 개요

연구･인력개발비 세액공제를 적용받는 비용에 “고유디자인의 개발을 위한 비용”이 포함된다. 고유디자인의 개발을 위한 비용은 1993.12.31. 우리 제품이 해외 시장에서 경쟁력을 높일 수 있도록 연구･인력개발비 세액공제 적용 대상에 고유상표와 고유디자인 개발을 위한 비용을 추가하였고, 2009.2.4.에 고유상표는 적격한 연구개발비에서 제외되는 것으로 조세특례제한법 시행령 별표 6이 개정되었다.

조세특례제한법 시행령 별표 6, 사호

조용립, 「연구개발 조세특례 실무」, 삼일인포마인, 2015.5., 235면

나. 문제점 및 개선방안

고유디자인의 개념에 대해서는 조세특례제한법에서 별도로 정의하지 않고 있다. 다만, 기획재정부 및 국세청의 법령해석 사례를 살펴보면 고유디자인 개발비용에 해당되기 위해서는 계획적․독창적 연구활동의 산물인지 여부 등을 종합적으로 고려하여 사실판단할 사항이라고 추상적으로 정의하고 있는데 주요 내용을 살펴보면 다음과 같다.

① 기획재정부 조세특례제도과-48, 2011.01.21.

‘고유디자인 개발 비용’에는 디자인 위탁개발용역비는 포함되나, 도서의 삽화를 위탁하는 경우 삽화가 고유디자인 해당 요건인 독창적이고 계획적인 연구활동의 산물인지 여부는 사실판단할 사항이다.

② 기획재정부 조세특례제도과-986, 2011.10.28.

국외에 있는 디자인 전문회사에 고유디자인 개발을 위탁하고 지출하는 비용은 연구인력개발비에 대한 세액공제 대상에 해당한다.

③ 국세청 법령해석과-1494, 2018.06.01.

게임소프트웨어 개발․공급업을 영위하는 기업의 게임그래픽 부서 소속 디자이너가 독창적․계획적 연구활동의 산물인 고유디자인 개발업무 수행 시, 그 디자이너의 인건비는 ‘고유디자인 개발  비용’에 해당되나, 독창적․계획적 연구활동의 산물에 해당하는지는 기존 디자인 모방여부, 독창성 등을 종합적으로 사실판단할 사항이다.

④ 국세청 법인세과-1195, 2010.12.30.

의류 제조업 영위 기업이 연구개발전담부서에서 고유 디자인 개발을 위해 견본품 등을 구입하는 비용이 적격 연구개발비에 해당하는 지 여부는 해당 견본품 등을 활용한 연구개발 활동의 결과물의 기존디자인 모방 여부, 독창성, 범용성 등을 종합적으로 고려하여 사실판단할 사항이다.

위 법령 해석사례에서도 고유디자인 개발비용의 범위가 명확하지 않고 적격비용에 해당하는지 여부는 사실판단 할 사항으로 해석하고 있어 실무적으로 납세자와 과세관청간에 다툼이 많다. 한편, 자체연구개발비의 경우 전담부서 등이 반드시 설치되어 있어야 하지 만, 고유디자인 개발비용의 경우 적격 연구개발비용으로 인정받기 위해서 미래창조과학부장관으로부터 인정받은 기업내 전담부서 등이 반드시 설치되어 있을 필요가 없다.

법인-535(2014.2.8.), 법인-233(2010.3.15.) 외 다수

고유디자인 개발비용에 대해 연구․인력개발비 세액공제를 받고 있는 업종을 보면 주로 출판업, 의류제조업, 온라인개발 및 공급업이다. 이들 업종 중 많은 기업이 별도의 전담부서 등을 설치하지 않고 디자인실 등에서 근무하는 인력에 대한 인건비에 대해 연구･인력개발비 세액공제를 적용받고 있다. 다른 업종의 경우 정부로부터 인가받은 전담부서 등에서 연구개발에 전담하는 경우에만 자체연구개발비로 인정을 받는데 반해 이들 업종은 전담부서 등 설치･인가 등의 의무가 없어 상대적으로 더 많은 세제상의 우대를 받는다고 볼 수 있다.

또한, 의류, 출판, 온라인개발 공급업 등은 제품 디자인 비용은 제품을 생산하는데 포함된 일련의 제조과정 중의 하나에 포함된 비용 성격이 있는데도 이에 대해 연구･인력개발비 세액공제 혜택을 부여하는 것은 다른 업종에 비해 과도한 우대책이 아닌가 생각된다. 아울러, OECD 등 주요국의 연구개발 조세지원책을 검토한 결과 “고유디자인 개발비용”에 대해 세제상의 지원을 하고 있는 국가는 없는 것으로 파악된다.

따라서, 고유디자인 개발비용에 대한 세제지원에 대해 재고할 필요가 있고 계속 세제지원을 하더라도, 고유디자인 개발의 범위에 대한 명확한 정의가 필요하다고 본다.

5. 전담부서 등 현황 과세자료제출 의무화

가. 개요

연구･인력개발비 세액공제를 적용받는 비용은 ｢조세특례제한법 시행령｣ 별표 6에서 정하는 자체연구개발비, 위탁 및 공동연구개발비 등이며, 자체연구개발비는 전담부서 등에 종사하는 전담요원의 인건비, 연구비 등이다. 여기서 전담부서 등의 요건은 ｢조세특례제한법 시행규칙｣ 제7조 제1항에서 정하고 있는데 ① ｢기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률｣ 제14조의2 제1항에 따라 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서(이하 “기업부설연구소 등”라 함), ② ｢문화산업진흥기본법｣ 제17조의 3 제1항에 따른 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서(이하 “기업부설창작연구소 등”이라 함)이다.

나. 문제점 및 개선방안

기업부설연구소 등의 인정 등에 관한 제반업무는 (사)한국산업기술진흥협회에서 수행하고 있고 인가받은 기업부설연구소 등의 현황을 홈페이지에서 조회 할 수 있으며, 과세관청에서는 연구･인력개발비 세액공제 사후관리 시 해당 홈페이지에 접속하여 자체연구개발비를 지출하고 연구･인력개발비 세액공제를 받은 기업이 기업부설연구소 등을 갖추고 있는지 여부를 확인하여야 한다.

www.koita.or.kr

기업부설창작연구소 인정 등에 관한 업무는 문화체육관광부에서 직접수행하고 있는데 기업부설창작연구소 등으로 인정받은 기업의 현황이 공개되지 않고 있어 세액공제 적정여부 사후관리 업무를 하는데 많은 애로가 있는 것으로 파악된다.

연구인력개발비 세액공제는 공제규모가 크고, 국고보조금의 성격을 띠고 있어 엄격한 사후관리가 필수적이다. 따라서, 기업이 연구･인력개발비 세액공제를 적정하게 적용하였는지 여부를 적시성 있게 효율적으로 검증할 필요가 있으며, 전담부서 등의 현황을 과세관청에서 인정기관으로부터 주기적으로 제출받아 전산시스템에 구축이 시급하다.

이를 위해서 “과세자료의 제출 및 관리에 관한 법률”을 개정하여 문화체육부 및 (사)한국산업기술진흥협회에서 전담부서 등의 현황에 관한 자료를 과세관청에 의무적으로 제출하도록 하고 과세관청에서는 제출받은 전담부서 등의 현황을 국세행정전산시스템에 구축하여 연구･인력개발비 세액공제 사후관리에 활용하도록 할 필요가 있다.

Ⅶ. 결 론

OECD 주요국은 글로벌경제체제하에서 대부분 자국 기업의 혁신성장 및 경쟁력확보를 위해 연구개발에 대해 일정한 세제혜택을 부여하고 있으며 우리나라에서도 중소기업, 중견기업, 그 외 일반기업으로 구분하여 연구개발에 대해 세제혜택을 차등부여하고 있다.

연구･인력개발비 세액공제가 직접적으로 해당기업을 지원하는 보조금은 아니지만, 받아야 할 세금을 받지 않는 방법으로 간접적인 지원을 해 줌으로써 보조금과 같은 효과를 가져 오게 되므로 ‘숨은 보조금’의 성격이 있어 국가재정에 영향을 미치므로 제도운영을 치밀하게 할 필요가 있다. 이를 위해 현행 연구･인력개발비 세액공제 제도운영과 관련하여 다음과 같이 개선방안을 제시하고자 한다.

첫째, 중소기업 규모를 초과하여 중견기업이 되면 세액공제･감면, 정책자금, 인력공급, 판로확보 등 각종 정부 지원이 축소되기 때문에 의도적으로 중소기업 규모를 유지하려는 경향이 있는데, 중견기업도 중소기업과 같이 연구･인력개발비 세액공제를 최저한세적용 대상에서 제외하는 것이 바람직하다.

둘째, 혁신적인 제품은 연구･개발에 대한 많은 투자비용이 들고 단기간에 투자효과가 나타나기 어렵고 오랜 기간이 소요되는 것이 보통이다. 따라서, 영세하고 자금여력이 부족한 중소기업에 대해서는 연구･개발투자에 대해 좀 더 많은 지원을 할 필요가 있다. 이를 위해 창업중소기업, 벤처기업등에 대해 창업초기 결손이 발생한 경우 연구인력개발비 세액공제 상당액에 대해 이월공제와 환급신청을 선택할 수 있도록 제도를 보완하여야 한다.

셋째, 연구･개발비 세액공제액을 해당 과세연도에 발생한 비용에 일정률을 적용하여 산출하는 방식(총액방식)과 직전과세연도 대비 증가한 비용에 일정률을 적용하여 산출하는 방식(증가액방식) 중 선택하도록 하고 있다. 증가액 방식의 경우 연구개발 투자를 유인하는 효과가 있으나 공제세액 계산 방식이 복잡하고 오랜 기간 연구개발 투자비 내역을 관리하여야 한다는 단점이 있다. 따라서, 공제세액 계산방식을 총액기준으로 변경하여 단순화하는 것이 바람직하다.

넷째, 고유디자인의 개발을 위한 비용을 연구개발 비용으로 인정하고 있는데 고유디자인의 개념이 불분명하고, 수혜를 받는 업종도 대부분 의류제조업, 출판업, 온라인게임업체 등에 한정되어 있으며 전담부서 등을 별도로 설치하여야 하는 등의 의무도 부여하고 있지 않다. 이를 개선하기 위해 고유디자인의 개발을 위한 비용의 정의를 법령에 명시하여야 하며, 다른 업종과의 형평성을 고려하여 해당 비용을 세액공제 대상 비용에서 제외하는 것도 고려할 필요가 있을 것으로 판단된다.

다섯째, 연구･인력개발비 세액공제 부당신청을 방지하기 위해 사후관리를 철저히 할 필요가 있는데 적시성 있고 치밀하게 관리할 필요가 있다. 이를 위해 “과세자료의 제출 및 관리에 관한 법률”을 개정하여 문화체육부 및 (사)한국산업기술진흥협회에서 전담부서 등의 현황에 관한 자료를 과세관청에 의무적으로 제출하도록 하고 과세당국은 제출받은 자료를 국세행정전산시스템에 구축하여 세액공제 부당신청 방지를 위해 적극 활용하여야 한다.

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